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- PDB-1pd5: Crystal structure of E.coli chloramphenicol acetyltransferase typ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pd5
タイトルCrystal structure of E.coli chloramphenicol acetyltransferase type I at 2.5 Angstrom resolution
要素Chloramphenicol acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / trimer / chloramphenicol (クロラムフェニコール) / acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


chloramphenicol O-acetyltransferase activity / chloramphenicol O-acetyltransferase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Chloramphenicol acetyltransferase, active site / Chloramphenicol acetyltransferase active site. / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloramphenicol acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Roidis, A. / Kokkinidis, M.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of E.coli chloramphenicol acetyltransferase type I at 2.5 Angstrom resolution
著者: Roidis, A. / Kokkinidis, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization of type I chloramphenicol acetyltransferase:an approach based on the concept of ionic strength reducers
著者: Andreeva, A.E. / Borissova, B.E. / Mironova, R. / Glykos, N.M. / Kotsifaki, D. / Ivanov, I. / Krysteva, M. / Kokkinidis, M.
履歴
登録2003年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloramphenicol acetyltransferase
B: Chloramphenicol acetyltransferase
C: Chloramphenicol acetyltransferase
D: Chloramphenicol acetyltransferase
E: Chloramphenicol acetyltransferase
F: Chloramphenicol acetyltransferase
G: Chloramphenicol acetyltransferase
H: Chloramphenicol acetyltransferase
I: Chloramphenicol acetyltransferase
J: Chloramphenicol acetyltransferase
K: Chloramphenicol acetyltransferase
L: Chloramphenicol acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)308,30612
ポリマ－308,30612
非ポリマー00
水3,747208
1
A: Chloramphenicol acetyltransferase
B: Chloramphenicol acetyltransferase
C: Chloramphenicol acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0763
ポリマ－77,0763
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27040 Å2
手法PISA
2
D: Chloramphenicol acetyltransferase
E: Chloramphenicol acetyltransferase
F: Chloramphenicol acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0763
ポリマ－77,0763
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area27470 Å2
手法PISA
3
G: Chloramphenicol acetyltransferase
H: Chloramphenicol acetyltransferase
I: Chloramphenicol acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0763
ポリマ－77,0763
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area26830 Å2
手法PISA
4
J: Chloramphenicol acetyltransferase
K: Chloramphenicol acetyltransferase
L: Chloramphenicol acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0763
ポリマ－77,0763
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area27210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.739, 129.702, 117.984
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a trimer. There are four trimers in the asymmetric unit ABC,DEF,GHI,JKL

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要素

#1: タンパク質
Chloramphenicol acetyltransferase /


分子量: 25692.145 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CAT OR HCM1.206 / プラスミド: pBR322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LE392
参照: UniProt: P62577, chloramphenicol O-acetyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.86 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: methanol,calcium chloride,MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.81 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月28日 / 詳細: Bent mirror
放射モノクロメーター: Triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. all: 114277 / Num. obs: 114277 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 13.91 / Observed criterion σ(I): 12.6 / 冗長度: 3.28 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.061
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.291 / Num. unique all: 9674 / Rsym value: 0.246 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CLA

3cla


解像度: 2.5→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 9.945 / SU ML: 0.224 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.518 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28139 5537 5 %RANDOM
Rwork0.19478 ---
obs0.19912 105347 98.64 %-
all-114277 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.425 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.92 Å20 Å21.74 Å2
2---2.96 Å20 Å2
3----1.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21210 0 0 208 21418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0410.02121882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9471.89529698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.98152546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2140.23052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0217196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2690.210256
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2921
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2630.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4180.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5091.512751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.705220627
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.39739131
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2244.59071
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.561 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.355 349
Rwork0.271 6609

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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