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- PDB-1paq: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC FRAGMENT OF EUKARYOTIC INITIAT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1paq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC FRAGMENT OF EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 2B EPSILON
要素Translation initiation factor eIF-2B epsilon subunit
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / heat repeat (HEATリピート) / aa motif
機能・相同性
機能・相同性情報


Recycling of eIF2:GDP / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / cytoplasmic translational initiation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Trimeric LpxA-like superfamily ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Trimeric LpxA-like superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Boesen, T. / Andersen, G.R. / Pavitt, G.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure of the catalytic fragment of translation initiation factor 2B and identification of a critically important catalytic residue.
著者: Boesen, T. / Mohammad, S.S. / Pavitt, G.D. / Andersen, G.R.
履歴
登録2003年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor eIF-2B epsilon subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5731
ポリマ－22,5731
非ポリマー00
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.340, 106.340, 91.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
詳細the monomer is the biological unit

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要素

#1: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B epsilon subunit / eIF-2B GDP-GTP exchange factor / Guanine nucleotide exchange factor subunit GCD6 / GCD complex subunit GCD6


分子量: 22573.363 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, residues (524-712) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GCD6 OR TIF225 OR YDR211W OR YD8142.12 OR YD8142B.03
プラスミド: pETeIF2Be-CTD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta / 参照: UniProt: P32501
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.75
詳細: PEG 2000MME, ammonium acetate, Tris-HCl, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 5 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris-HCl1droppH7.4
25 mMdithiothreitol1drop
31 mMPMSF1drop
40.5 mMEDTA1drop
5100 mM1dropNaCl
65-8 mg/mlprotein1drop
70.2 Mammonium acetate1reservoir
823-25 %PEG2000 MME1reservoir
9100 mMsodium citrate1reservoirpH7.57

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9821, 0.9824, 0.9121
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月10日
放射モノクロメーター: Double crystal focussing / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98211
20.98241
30.91211
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 22335 / Num. obs: 22162 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 99.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 6.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2723 2111 RANDOM
Rwork0.2426 --
all0.2439 22162 -
obs0.2439 22162 -
溶媒の処理Bsol: 28.0924 Å2 / ksol: 0.327009 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.448 Å20 Å20 Å2
2--7.448 Å20 Å2
3----14.895 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1341 0 0 90 1431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008266
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32498
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7192
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.4422
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.312.5
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.272 / Rfactor Rwork: 0.243
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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