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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p9b | ||||||
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タイトル | Structure of fully ligated Adenylosuccinate synthetase from Plasmodium falciparum | ||||||
要素 | Adenylosuccinate Synthetaseアデニロコハク酸シンターゼ | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アデニロコハク酸シンターゼ / adenylosuccinate synthase activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Eaazhisai, K. / Jayalakshmi, R. / Gayathri, P. / Anand, R.P. / Sumathy, K. / Balaram, H. / Murthy, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Crystal Structure of Fully Ligated Adenylosuccinate Synthetase from Plasmodium falciparum. 著者: Eaazhisai, K. / Jayalakshmi, R. / Gayathri, P. / Anand, R.P. / Sumathy, K. / Balaram, H. / Murthy, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p9b.cif.gz | 107.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p9b.ent.gz | 79.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p9b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/1p9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/1p9b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1cibS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -X,Y,1/2-Z |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 50088.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) プラスミド: pET23d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q9U8D3, アデニロコハク酸シンターゼ |
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-非ポリマー , 6種, 283分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#3: 化合物 | ChemComp-NO3 / |
#4: 化合物 | ChemComp-IMO / |
#5: 化合物 | ChemComp-HDA / |
#6: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5 詳細: PEG4000, Sodium cacodylate, pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→32.91 Å / Num. all: 164288 / Num. obs: 28913 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2833 / Rsym value: 0.36 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 29594 / % possible obs: 97.8 % / Num. measured all: 358593 / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.07 Å / % possible obs: 97.1 % / Rmerge(I) obs: 0.363 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CIB 解像度: 2→32.91 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→32.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.025
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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