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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p0q | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of soman-aged human butyryl cholinesterase | |||||||||
要素 | Cholinesteraseコリンエステラーゼ | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Serine hydrolase / organophosphates (リン酸エステル) / soman (ソマン) / cholinesterase (コリンエステラーゼ) / conformational change (コンフォメーション変化) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 コリンエステラーゼ / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / choline binding / response to folic acid / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission ...コリンエステラーゼ / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / choline binding / response to folic acid / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / peptide hormone processing / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / Aspirin ADME / nuclear envelope lumen / Synthesis of PC / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / catalytic activity / response to glucocorticoid / xenobiotic metabolic process / 学習 / amyloid-beta binding / blood microparticle / negative regulation of cell population proliferation / 小胞体 / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å | |||||||||
データ登録者 | Nicolet, Y. / Lockridge, O. / Masson, P. / Fontecilla-Camps, J.C. / Nachon, F. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of human butyrylcholinesterase and of its complexes with substrate and products. 著者: Nicolet, Y. / Lockridge, O. / Masson, P. / Fontecilla-Camps, J.C. / Nachon, F. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002 タイトル: Engineering of a monomeric and low-glycosylated form of human butyrylcholinesterase: expression, purification, characterization and crystallization 著者: Nachon, F. / Nicolet, Y. / Viguie, N. / Masson, P. / Fontecilla-Camps, J.C. / Lockridge, O. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p0q.cif.gz | 129.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p0q.ent.gz | 99.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p0q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/1p0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/1p0q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1 / 変異: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCHE OR CHE1 / 細胞株 (発現宿主): ovary cells 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P06276, コリンエステラーゼ |
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-糖 , 2種, 4分子
#2: 多糖 | #3: 糖 | |
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-非ポリマー , 5種, 291分子
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
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#5: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#6: 化合物 | ChemComp-VXA / | ||
#7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.31 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: ammonium sulfate, Tris-(hydroxymethyl)-aminomethane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Nachon, F., (2002) Eur.J.Biochem., 269, 630. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→41.52 Å / Num. all: 26509 / Num. obs: 25868 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.56 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3723 / Rsym value: 0.217 / % possible all: 88.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 40.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.6 % / Rmerge(I) obs: 0.217 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1P0I 解像度: 2.43→40.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 85.9698 Å2 / ksol: 0.37042 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.43→40.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.43→2.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 40.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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