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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1os7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TauD with iron, alpha-ketoglutarate and Taurine bound at pH 7.5 | ||||||
要素 | Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Iron Di-oxygenase / Taurine (タウリン) / TauD / Alpha-Ketoglutarate (Α-ケトグルタル酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 taurine catabolic process / taurine dioxygenase complex / タウリンジオキシゲナーゼ / taurine dioxygenase activity / sulfur compound metabolic process / L-ascorbic acid binding / ferrous iron binding / protein homotetramerization / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / Direct methods, 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | O'Brien, J.R. / Schuller, D.J. / Yang, V.S. / Dillard, B.D. / Lanzilotta, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Substrate-Induced Conformational Changes in Escherichia coli Taurine/alpha-Ketoglutarate Dioxygenase and Insight Into the Oligomeric Structure 著者: O'Brien, J.R. / Schuller, D.J. / Yang, V.S. / Dillard, B.D. / Lanzilotta, W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1os7.cif.gz | 241.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1os7.ent.gz | 197 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1os7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/1os7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/1os7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | Two copies of the proposed biological dimer are found in the crystallographic tetramer. This corresponds to monomers A & D and B & C respectively. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32453.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P37610, タウリンジオキシゲナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-AKG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 400, 20% PEG 4000, 20% Isopropanol, 0.1 M TRIS, pH 7.5, BATCH, temperature 297K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 8 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Osmic Blue Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→38 Å / Num. all: 46090 / Num. obs: 45814 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.073 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.59 Å / % possible obs: 98.4 % / Rmerge(I) obs: 0.431 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Direct methods, 分子置換 / 解像度: 2.5→38 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→38 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 36.5 Å / Num. reflection obs: 46047 / Num. reflection Rfree: 2321 / Rfactor Rwork: 0.225 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.35 |