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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oqw | ||||||
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タイトル | Full-Length PAK Pilin from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | Fimbrial protein | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / Type IV pilin / fiber-forming protein / adhesion (接着) / Pseudomonas aerugionosa / PAK pilin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Craig, L. / Arvai, A.S. / Forest, K.T. / Tainer, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003 タイトル: Type IV Pilin Structure and Assembly: X-Ray and EM Analyses of Vibrio cholerae Toxin-Coregulated Pilus and Pseudomonas aeruginosa PAK Pilin 著者: Craig, L. / Taylor, R.K. / Pique, M.E. / Adair, B.A. / Arvai, A.S. / Singh, M. / Lloyd, S.J. / Shin, D.S. / Getzoff, E.D. / Yeager, M. / Forest, K.T. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oqw.cif.gz | 69.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oqw.ent.gz | 51.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oqw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/1oqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/1oqw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | thousands of pilin subunits assemble to form a long thin filament ~8 nm in diameter and several microns in length |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15021.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: K / 参照: UniProt: P02973 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 15% MPD, 35% PEG 4000, 100 mM sodium citrate, 2.5 mM MnCl2, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月28日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 29079 / Num. obs: 28468 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.24 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.28 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2875 / % possible all: 83.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 29308 / Num. measured all: 324152 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.6 % / Rmerge(I) obs: 0.329 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DZO.pdb 解像度: 2→30 Å / 交差検証法: used throughout refinement / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.3 Å /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.007 |