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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1on0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Putative Acetyltransferase (YycN) from Bacillus subtilis, NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET SR144 | ||||||
要素 | YycN protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta protein with anti-parallel beta strands / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Shen, J. / Kuzin, A. / Chiang, Y. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Putative Acetyltransferase (YycN) from Bacillus subtilis 著者: Forouhar, F. / Shen, J. / Kuzin, A. / Chiang, Y. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1on0.cif.gz | 141.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1on0.ent.gz | 118.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1on0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/1on0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/1on0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18667.529 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: YYCN / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O32293 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5mM Tris, 20% PEG 8k, 0.2 M Ammonium Sulfate, 50 mM Sodium Chloride, and 5 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.982 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.982 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→29.68 Å / Num. all: 76470 / Num. obs: 69770 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.26 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 16.64 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 3.74 / Num. unique all: 2778 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.68 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→29.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.003
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