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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1om6 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A COLD ADAPTED ALKALINE PROTEASE FROM PSEUDOMONAS TAC II 18, CO-CRYSTALLIZED WITH 5mM EDTA (2 MONTHS) | ||||||
要素 | serralysinセラリシン | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / BETA JELLY ROLL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 セラリシン / 細胞外マトリックス / metalloendopeptidase activity / calcium ion binding / タンパク質分解 / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas sp. 'TAC II 18' (シュードモナス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Ravaud, S. / Gouet, P. / Haser, R. / Aghajari, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003 タイトル: Probing the role of divalent metal ions in a bacterial psychrophilic metalloprotease: binding studies of an enzyme in the crystalline state by x-ray crystallography. 著者: Ravaud, S. / Gouet, P. / Haser, R. / Aghajari, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1om6.cif.gz | 109.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1om6.ent.gz | 81.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1om6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/1om6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/1om6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48727.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pseudomonas sp. 'TAC II 18' (シュードモナス属) 株: TAC II 18 / 参照: UniProt: O69771, セラリシン | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Ammonium sulfate, Hepes, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Villeret, V., (1997) Protein Sci., 6, 2462. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.5418 / 波長: 0.98 Å | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月4日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→34.1 Å / Num. all: 30649 / Num. obs: 30649 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 13.25 Å2 / Rsym value: 0.049 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.167 / % possible all: 100 | |||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 123884 / Rmerge(I) obs: 0.081 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1G9K 解像度: 2→50 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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