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- PDB-1ofq: CRYSTAL STRUCTURE OF THE TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ofq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE IN COMPLEX WITH MANGANESE(II)
要素PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
キーワードLYASE (リアーゼ) / BETA-ALPHA-BARREL / AROMATIC AMINO-ACID BIOSYNTHESIS SYNTHASE / ALDOLASE / SYNTHETASE / MANGANESE (マンガン)
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DAHP synthase, class 1 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Koenig, V. / Pfeil, A. / Heinrich, G. / Braus, G.H. / Schneider, T.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Substrate and Metal Complexes of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae Provide New Insights Into the Catalytic Mechanism
著者: Koenig, V. / Pfeil, A. / Braus, G.H. / Schneider, T.R.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Evolution of Feedback-Inhibited Beta /Alpha Barrel Isoenzymes by Gene Duplication and a Single Mutation
著者: Hartmann, M. / Schneider, T. / Pfeil, A. / Heinrich, G. / Lipscomb, W. / Braus, G.
履歴
登録2003年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
B: PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
C: PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
D: PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,4088
ポリマ－159,1884
非ポリマー2204
水5,134285
1
A: PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
B: PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7044
ポリマ－79,5942
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
D: PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7044
ポリマ－79,5942
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.731, 105.731, 268.782
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-2082-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE / PHOSPHO-2-KETO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE DAHP SYNTHETASE / 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE 7- ...PHOSPHO-2-KETO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE DAHP SYNTHETASE / 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE 7-PHOSPHATE SYNTHASE / PHOSPHO-2-DEHYDRO- 3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE


分子量: 39797.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: METAL ION\: MANGANESE(II)
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: RH1326 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P32449, EC: 4.1.2.15
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTONATE 7- PHOSPHATE + PHOSPHATE = ...CATALYTIC ACTIVITY: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTONATE 7- PHOSPHATE + PHOSPHATE = PHOSPHOENOLPYRUVATE + D-ERYTHROSE 4- PHOSPHATE + H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8
詳細: TRIS PH 7.5-9.0 10 MM 20% PEG3400, 2.4 EQUIV. MN, 13-17MG/ML DAHPS, 4 DEGREE

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.8 Å / Num. obs: 68895 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 48.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Mean I/σ(I) obs: 13.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HFB

1hfb


解像度: 2.7→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1011482.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1375 2.9 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 46957 96.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.3231 Å2 / ksol: 0.323403 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.27 Å25.97 Å20 Å2
2--4.27 Å20 Å2
3----8.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10283 0 4 285 10572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.122.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 226 3 %
Rwork0.288 7242 -
obs--93.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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