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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1odx | ||||||
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タイトル | HIV-1 Proteinase mutant A71T, V82A | ||||||
要素 | HIV-1 PROTEASE | ||||||
キーワード | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / PROTEINASE (プロテアーゼ) / RETROPEPSIN / RETROVIRUS (レトロウイルス科) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / ASPARTYL PROTEASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / ウイルスのライフサイクル / : / : / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / 逆転写酵素 / viral penetration into host nucleus / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kervinen, J. / Thanki, N. / Zdanov, A. / Wlodawer, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 1996 タイトル: Structural Analysis of the Native and Drug-Resistant HIV-1 Proteinases Complexed with an Aminodiol Inhibitor 著者: Kervinen, J. / Thanki, N. / Zdanov, A. / Tino, J. / Barrish, J. / Lin, P.F. / Colonno, R. / Riccardi, K. / Samanta, H. / Wlodawer, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1odx.cif.gz | 54 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1odx.ent.gz | 38.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1odx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/1odx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/1odx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10805.729 Da / 分子数: 2 / 変異: A71T, V82A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / プラスミド: PMAL-C2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04585, HIV-1 retropepsin #2: 化合物 | ChemComp-0E8 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月22日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→10 Å / Num. obs: 11019 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 38546 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |