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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1od0 | ||||||
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タイトル | Family 1 b-glucosidase from Thermotoga maritima | ||||||
要素 | BETA-GLUCOSIDASE A | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GLUCOSIDE HYDROLYSIS / FAMILY GH1 / ENZYME (酵素) / GLYCOSIDASE / CELLULOSE DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / cellulose catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | THERMOTOGA MARITIMA (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å | ||||||
データ登録者 | Gloster, T. / Zechel, D.L. / Boraston, A.B. / Boraston, C.M. / Macdonald, J.M. / Tilbrook, D.M. / Stick, R.V. / Davies, G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003 タイトル: Iminosugar Glycosidase Inhibitors: Structural and Thermodynamic Dissection of the Binding of Isofagomine and 1-Deoxynojirimycin to Beta-Glucosidases 著者: Zechel, D.L. / Boraston, A.B. / Gloster, T. / Boraston, C.M. / Macdonald, J.M. / Tilbrook, D.M. / Stick, R.V. / Davies, G.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1od0.cif.gz | 198.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1od0.ent.gz | 156.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1od0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/1od0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/1od0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 3
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.99952, -0.02596, 0.01718), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53940.648 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC MODULE, RESIDUES 2-446 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (テルモトガ・マリティマ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q08638, beta-glucosidase #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | A1,2,305-307,446, B307,B213,B446 POOR OR MISSING DENSITY THE FULL LENGTH PROTEIN ALSO CONTAINS A ...A1,2,305-307,446, B307,B213,B446 POOR OR MISSING DENSITY THE FULL LENGTH PROTEIN ALSO CONTAINS A HIS-TAG FROM THE PET28A CLONING VECTOR. NUMBERING OF THE PROTEIN AGREES WITH THE SWISSPROT ENTRY AND THUS IGNORES THE HIS-TAG | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 10MG/ML PROTEIN IN 15% PEG 4K, 0.2 M CA ACETATE, 0.1M IMIDAZOLE PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9392 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9392 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 58694 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 3.69 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QOX 解像度: 2.11→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 5.521 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: A1,2,305-307,446, B307,B213,B446 POOR OR MISSING DENSITY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→20 Å
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拘束条件 |
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