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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1obp | ||||||
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タイトル | ODORANT-BINDING PROTEIN FROM BOVINE NASAL MUCOSA | ||||||
要素 | ODORANT-BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | ODORANT-BINDING PROTEIN / OLFACTION (嗅覚) / NOSE / TRANSPORT / LIPOCALIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 odorant binding / response to stimulus / small molecule binding / sensory perception of smell / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Tegoni, M. / Cambillau, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: Domain swapping creates a third putative combining site in bovine odorant binding protein dimer 著者: Tegoni, M. / Ramoni, R. / Bignetti, E. / Spinelli, S. / Cambillau, C. #1: ジャーナル: J.Biotechnol. / 年: 1993 タイトル: Preparation of an Affinity Resin for Odorants by Coupling Odorant Binding Protein from Bovine Nasal Mucosa to Sepharose 4B 著者: Bignetti, E. / Bussolati, L. / Ramoni, R. / Grolli, S. / Donofrio, G. #2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1985 タイトル: Purification and Characterisation of an Odorant-Binding Protein from Cow Nasal Tissue 著者: Bignetti, E. / Cavaggioni, A. / Pelosi, P. / Persaud, K.C. / Sorbi, R.T. / Tirindelli, R. #3: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1982 タイトル: Identification of a Specific Olfactory Receptor for 2-Isobutyl-3-Methoxypyrazine 著者: Pelosi, P. / Baldaccini, N.E. / Pisanelli, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1obp.cif.gz | 116 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1obp.ent.gz | 85 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1obp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/1obp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/1obp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.294, -0.342, -0.893), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18457.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: NOSE / 組織: RESPIRATORY EPITHELIUM / 参照: UniProt: P07435 #2: 化合物 | ChemComp-UNX / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | RESIDUES NAMED UNX ARE PSEUDO CARBON ATOMS USED TO MODEL AN UNKNOWN LIGAND. TO ALLOW ATOM OVERLAP, ...RESIDUES NAMED UNX ARE PSEUDO CARBON ATOMS USED TO MODEL AN UNKNOWN LIGAND. TO ALLOW ATOM OVERLAP, SCATTERING | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % |
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結晶化 | pH: 5.7 / 詳細: pH 5.7 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 35-45 % / 一般名: ethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月26日 |
放射 | モノクロメーター: MONOCHROMATOR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 20232 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.045 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→6 Å / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
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拘束条件 |
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