[日本語] English
万見
- PDB-1nyb: SOLUTION STRUCTURE OF THE BACTERIOPHAGE PHI21 N PEPTIDE-BOXB RNA ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nyb
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE BACTERIOPHAGE PHI21 N PEPTIDE-BOXB RNA COMPLEX
要素
  • BoxB RNA
  • Probable regulatory protein N
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / peptide-rna complex / transcription antitermination / TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX
機能・相同性DNA-templated transcription termination / リボ核酸 / RNA (> 10) / Probable regulatory protein N
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage phi21 (ファージ)
手法溶液NMR
Model type detailsminimized average
データ登録者Cilley, C.D. / Williamson, J.R.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2003
タイトル: Structural mimicry in the phage phi21 N peptide-boxB RNA complex
著者: Cilley, C.D. / Williamson, J.R.
履歴
登録2003年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02022年2月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 2.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: BoxB RNA
A: Probable regulatory protein N


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2462
ポリマ－10,2462
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

-
要素

#1: RNA鎖 BoxB RNA


分子量: 7660.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthesis of the RNA fragment from the Bacteriophage phi21 boxB
#2: タンパク質・ペプチド Probable regulatory protein N


分子量: 2584.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage phi21 (ファージ)
遺伝子: N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07243

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using 2D homonuclear and 3D heteronuclear NMR spectroscopy. The two most important samples were uniformly labeled 15N,13C peptide or RNA in complex with its unlabeled counterpart.

-
試料調製

詳細内容: 2mM N peptide-boxB RNA complex; 25mM D6(98%)-succinate, 2mM NaCl, 0.2mM EDTA, 0.05mM Na-azide
溶媒系: 90% H20, 10% D2O
試料状態イオン強度: 2mM NaCl / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker DRXBrukerDRX7502
Bruker AMXBrukerAMX6003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.1F. Delaglio, S. Grzesiek, G. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer, and A. Bax解析
NMRView4.1.3Bruce A. Johnsonデータ解析
CNS1A.T. Brunger, P.D. Adams, G.M. Clore, W.L. Delano, P. Gros, R.W. Grosse-Kunstleve, J.S. Jiang, J. Kuszewski, M. Nilges, N.S. Pannu, R.J. Read, L.M. Rice, T. Simonson, G.L. Warren精密化
Amber6Case, D.A., Kollman, P.構造決定
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: There were a total of 1016 distance restraints (including 48 hydrogen bond distance restraints) and 167 torsion restraints used to determine this structure. The molecular modeling of the ...詳細: There were a total of 1016 distance restraints (including 48 hydrogen bond distance restraints) and 167 torsion restraints used to determine this structure. The molecular modeling of the phi21 N peptide-boxB RNA complex was done in three steps. First, a complete intramolecular restraint set was generated for each molecule, and then peptide and RNA structures were generated separately using ab initio simulated annealing (SA) starting from a random extended structure in CNSsolve. For both the peptide and the RNA, constrained (torsion) dynamics was used at 50000K. A total of 100 structures each of the peptide and RNA were generated. In the second step, each of the 20 lowest energy peptide and 20 lowest energy RNA structures were combined in single PDB files, in all 400 possible combinations. The RNA was held at the origin and the peptide was randomly rotated and moved 100 angstroms away in a random direction from the origin. These 400 possible "complexes" were docked using CNSsolve. The objective of the docking was to bring the peptide and RNA together without dramatically perturbing their folded structures from the first round of SA, so the temperatures for the docking were set much lower than in the initial calculations (1000 vs. 50000K). Finally, the 100 lowest energy docked structures were minimized by two rounds of low temperature annealing using Sander, a module of AMBER. As with the docking, the temperature was kept low (1000K). The 14 lowest energy structures were used for generating an average structure, which was energy minimized using a conjugate gradient.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る