+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nqz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The structure of a CoA pyrophosphatase from D. Radiodurans complexed with a magnesium ion | ||||||
![]() | CoA pyrophosphatase (MutT/nudix family protein) | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() coenzyme A diphosphatase activity / coenzyme A catabolic process / ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kang, L.W. / Gabelli, S.B. / Bianchet, M.A. / Xu, W.L. / Bessman, M.J. / Amzel, L.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a coenzyme A pyrophosphatase from Deinococcus radiodurans: a member of the Nudix family. 著者: Kang, L.W. / Gabelli, S.B. / Bianchet, M.A. / Xu, W.L. / Bessman, M.J. / Amzel, L.M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 33.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21273.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: dr1184 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.21 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG1500, MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 19112 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 100105 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1NQY 解像度: 1.7→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.325 / Rfactor Rwork: 0.313 |