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- PDB-1nmr: Solution Structure of C-terminal Domain from Trypanosoma cruzi Po... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nmr
タイトルSolution Structure of C-terminal Domain from Trypanosoma cruzi Poly(A)-Binding Protein
要素poly(A)-binding protein
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / All helical domain
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
c-terminal domain of poly(a) binding protein / c-terminal domain of poly(a) binding protein / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / Poly-adenylate binding protein, unique domain / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / PABC (PABP) domain / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA認識モチーフ ...c-terminal domain of poly(a) binding protein / c-terminal domain of poly(a) binding protein / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / Poly-adenylate binding protein, unique domain / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / PABC (PABP) domain / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyadenylate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Siddiqui, N. / Kozlov, G. / D'Orso, I. / Trempe, J.F. / Frasch, A.C.C. / Gehring, K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Solution Structure of the C-terminal Domain from poly(A)-binding protein in Trypanosoma cruzi: A vegetal PABC domain
著者: Siddiqui, N. / Kozlov, G. / D'Orso, I. / Trempe, J.F. / Gehring, K.
履歴
登録2003年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: poly(A)-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0971
ポリマ－9,0971
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #8lowest energy

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要素

#1: タンパク質 poly(A)-binding protein


分子量: 9097.349 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q27335

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
132HNHA
1433D 13C-separated NOESY
154IPAP-HSQC
1652D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear and 3D heteronuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM TcPABC, unlabelled, 50mM phosphate buffer, 150mM NaCl, 1mM NaN3, pH 6.3, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22mM TcPABC U-15N, 50mM phosphate buffer, 150mM NaCl, 1mM NaN3, pH 6.3, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
32mM TcPABC U-15N,13C, 50mM phosphate buffer, 150mM NaCl, 1mM NaN3, pH 6.3, 100% D20100% D20
42mM TcPABC U-15N, 50mM phosphate buffer, 150mM NaCl, 1mM NaN3, 18mg/ml Pf1 phage, pH 6.3, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
52mM TcPABC, unlabelled, 50mM phosphate buffer, 150mM NaCl, 1mM NaN3, pH 6.3, 100% D20100% D20
試料状態イオン強度: 50mM Phosphate, 150mM NaCl / pH: 6.3 / 圧: Ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS8002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.1Bruker BioSpincollection
Gifa4.31Delsuc解析
XEASY1.3.13Wuthrichデータ解析
CNS1.1Brunger精密化
ARIA1.1Nilges構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1170 restraints: 974 are NOE-derived distance constraints, 78 dihedral angle restraints,49 distance restraints from hydrogen bonds and 69 15N-1H residual dipolar couplings
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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