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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nmb | |||||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THE NC10 ANTIBODY AND INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE AND COMPARISON WITH THE OVERLAPPING BINDING SITE OF THE NC41 ANTIBODY | |||||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (HYDROLASE/IMMUNOGLOBULIN) / COMPLEX (HYDROLASE-IMMUNOGLOBULIN) / COMPLEX (HYDROLASE-IMMUNOGLOBULIN) complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Malby, R.L. / Tulip, W.R. / Colman, P.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1994 タイトル: The structure of a complex between the NC10 antibody and influenza virus neuraminidase and comparison with the overlapping binding site of the NC41 antibody 著者: Malby, R.L. / Tulip, W.R. / Harley, V.R. / McKimm-Breschkin, J.L. / Laver, W.G. / Webster, R.G. / Colman, P.M. #1: ジャーナル: Philos.Trans.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1989 タイトル: Three-Dimensional Structures of Influenza Virus Neuraminidase-Antibody Complexes 著者: Colman, P.M. / Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Tulloch, P.A. / Baker, A.T. / Laver, W.G. / Air, G.M. / Webster, R.G. #2: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1989 タイトル: Crystal Structure of Neuraminidase-Antibody Complexes 著者: Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Webster, R.G. / Air, G.M. / Laver, W.G. / Colman, P.M. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: N9 Neuraminidase Complexes with Antibodies Nc41 and Nc10: Empirical Free Energy Calculations Capture Specificity Trends Observed with Mutant Binding Data 著者: Tulip, W.R. / Harley, V.R. / Webster, R.G. / Novotny, J. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Refined Crystal Structure of the Influenza Virus N9 Neuraminidase-Nc41 Complex 著者: Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Laver, W.G. / Webster, R.G. / Colman, P.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nmb.cif.gz | 135.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nmb.ent.gz | 106.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nmb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/1nmb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/1nmb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO N 326 / 2: CIS PROLINE - PRO N 431 / 3: CIS PROLINE - PRO L 95 |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 N
#1: タンパク質 | 分子量: 52442.445 Da / 分子数: 1 / 変異: WILD TYPE / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 参照: UniProt: P05803, ノイラミニダーゼ |
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-抗体 , 2種, 2分子 LH
#2: 抗体 | 分子量: 12129.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM MONOCLONAL MURINE ANTIBODY / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 501094 |
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#3: 抗体 | 分子量: 13423.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM MONOCLONAL MURINE ANTIBODY / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 501094 |
-糖 , 2種, 3分子
#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#5: 糖 |
-非ポリマー , 2種, 84分子
#6: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
非ポリマーの詳細 | 83 SOLVENT ATOMS AND 1 CALCIUM ATOM INCLUDED IN MODEL. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.89 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 31862 / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 176473 / Rmerge(I) obs: 0.095 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 2 詳細: THE WHOLE OF THE CONSTANT MODULE OF THE FAB (CL AND CH1) IS NOT OBSERVED IN ELECTRON DENSITY MAPS AND IS PRESUMABLY DISORDERED. THE IDENTITY OF THR L 7 IS IN QUESTION AND IT COULD BE PRO. ...詳細: THE WHOLE OF THE CONSTANT MODULE OF THE FAB (CL AND CH1) IS NOT OBSERVED IN ELECTRON DENSITY MAPS AND IS PRESUMABLY DISORDERED. THE IDENTITY OF THR L 7 IS IN QUESTION AND IT COULD BE PRO. THEREFORE IT IS ASSIGNED AN OCCUPANCY OF 0.0.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
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拘束条件 |
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