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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1niz | ||||||
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タイトル | NMR structure of a V3 (MN isolate) peptide bound to 447-52D, a human HIV-1 neutralizing antibody | ||||||
要素 | Exterior membrane glycoprotein(GP120) | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Peptide-Antibody complex / b-hairpin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
データ登録者 | Sharon, M. / Kessler, N. / Levy, R. / Zolla-Pazner, S. / Gorlach, M. / Anglister, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2003 タイトル: Alternative Conformations of HIV-1 V3 Loops Mimic beta Hairpins in Chemokines, Suggesting a Mechanism for Coreceptor Selectivity. 著者: Sharon, M. / Kessler, N. / Levy, R. / Zolla-Pazner, S. / Gorlach, M. / Anglister, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1niz.cif.gz | 12.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1niz.ent.gz | 7.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1niz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/1niz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/1niz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1907.270 Da / 分子数: 1 / 断片: V3 loop (residues 309-324) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 遺伝子: ENV / プラスミド: pet11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P05877 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy, in which the peptide was labeled while the antibody remained unlabeled. |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software | 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 開発者: Brunger / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: minimized average structure |
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |