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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nba | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS, REFINEMENT AND ENZYMATIC REACTION MECHANISM OF N-CARBAMOYLSARCOSINE AMIDOHYDROLASE FROM ARTHROBACTER SP. AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | N-CARBAMOYLSARCOSINE AMIDOHYDROLASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE(IN LINEAR AMIDES) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-carbamoylsarcosine amidase / N-carbamoylsarcosine amidase activity / creatinine catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arthrobacter sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Romao, M.J. / Turk, D. / Gomis-Ruth, F.-Z. / Huber, R. / Schumacher, G. / Mollering, H. / Russmann, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Crystal structure analysis, refinement and enzymatic reaction mechanism of N-carbamoylsarcosine amidohydrolase from Arthrobacter sp. at 2.0 A resolution. 著者: Romao, M.J. / Turk, D. / Gomis-Ruth, F.X. / Huber, R. / Schumacher, G. / Mollering, H. / Russmann, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nba.cif.gz | 208.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nba.ent.gz | 168.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nba.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/1nba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/1nba | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ALA A 172 - THR A 173 OMEGA =352.97 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: ALA B 172 - THR B 173 OMEGA =354.44 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: ALA C 172 - THR C 173 OMEGA =352.97 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 4: ALA D 172 - THR D 173 OMEGA =355.08 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29084.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arthrobacter sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P32400, N-carbamoylsarcosine amidase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: drop-0.002ml, reservoir-0.003ml | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 62120 / % possible obs: 73.2 % / Num. measured all: 147634 / Rmerge(I) obs: 0.111 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.1 Å / % possible obs: 40.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.186 / Rfactor obs: 0.186 / 最高解像度: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 56641 / Rfactor obs: 0.186 / Rfactor Rwork: 0.186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.7 |