+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n8e | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Fragment Double-D from Human Fibrin | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | BLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / Cross-linked fibrin / D:D interfaces / crystal packing (結晶構造) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 platelet maturation / blood coagulation, common pathway / induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / Α顆粒 / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to leptin stimulus / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) ...platelet maturation / blood coagulation, common pathway / induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / Α顆粒 / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to leptin stimulus / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extracellular matrix structural constituent / plasminogen activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of exocytosis / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / protein secretion / protein polymerization / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of vasoconstriction / cell adhesion molecule binding / fibrinolysis / Integrin signaling / cell-matrix adhesion / platelet alpha granule lumen / positive regulation of protein secretion / Post-translational protein phosphorylation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / 血小板 / response to calcium ion / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / extracellular vesicle / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / 細胞皮質 / ER-Phagosome pathway / protein-folding chaperone binding / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / 獲得免疫系 / blood microparticle / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Amyloid fiber formation / external side of plasma membrane / 小胞体 / signaling receptor binding / 自然免疫系 / シナプス / structural molecule activity / 細胞膜 / 小胞体 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, Z. / Pandi, L. / Doolittle, R.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: The Crystal Structure of Fragment Double-D from Cross-Linked Lamprey Fibrin Reveals Isopeptide Linkages across an Unexpected D-D Interface 著者: Yang, Z. / Pandi, L. / Doolittle, R.F. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Crystal Structure of Fragment Double-D from Human Fibrin with Two Different Bound Ligands 著者: Everse, S.J. / Spraggon, G. / Veerapandian, L. / Riley, M. / Doolittle, R.F. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n8e.cif.gz | 55.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1n8e.ent.gz | 31.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n8e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/1n8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/1n8e | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10517.244 Da / 分子数: 2 / 断片: double-D alpha chain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Fibrinogen prepared from blood bank plasma / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02671 #2: タンパク質 | 分子量: 37691.992 Da / 分子数: 2 / 断片: double-D beta chain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Fibrinogen prepared from blood bank plasma / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02675 #3: タンパク質 | 分子量: 36693.754 Da / 分子数: 2 / 断片: double-D gamma chain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Fibrinogen prepared from blood bank plasma / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02679 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.27 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG-3350, 50 mM Tris, 7.5 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月2日 |
放射 | モノクロメーター: wiggler / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.5→30 Å / Num. all: 12247 / Num. obs: 10214 / % possible obs: 83.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.138 |
反射 シェル | 解像度: 4.5→4.6 Å / % possible all: 53.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 71273 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 53.3 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: fragment D of 1FZC 解像度: 4.5→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The coordinates contain C-Alphas only.
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.5→30 Å
| ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |