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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n1v | ||||||
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タイトル | Trypanosoma rangeli sialidase in complex with DANA | ||||||
要素 | Sialidaseノイラミニダーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / BETA PROPELLER (Βプロペラドメイン) / LECTIN-LIKE FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / intracellular membrane-bounded organelle / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma rangeli (ランゲルトリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Amaya, M.F. / Buschiazzo, A. / Nguyen, T. / Alzari, P.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase 著者: Amaya, M.F. / Buschiazzo, A. / Nguyen, T. / Alzari, P.M. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000 タイトル: Structural basis of sialyltransferase activity in trypanosomal sialidases 著者: Buschiazzo, A. / Tavares, G.A. / Campetella, O. / Spinelli, S. / Cremona, M.L. / Paris, G. / Amaya, M.F. / Frasch, A.C. / Alzari, P.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | sequence The author maintains that the sequence in the sequence database is incorrect. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n1v.cif.gz | 134.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n1v.ent.gz | 106.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n1v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/1n1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/1n1v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69912.727 Da / 分子数: 1 / 断片: residue 23-660 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma rangeli (ランゲルトリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: O44049, ノイラミニダーゼ | ||||
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#2: 化合物 | #3: 糖 | ChemComp-DAN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG-8000, sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 39923 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.052 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Rsym value: 0.208 / % possible all: 52.3 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 116221 / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 52.3 % / Rmerge(I) obs: 0.208 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1n1s 解像度: 2.1→14.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.149 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→14.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.219 / Rfactor Rwork: 0.178 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.14 Å |