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万見
- PDB-1my7: NF-kappaB p65 subunit dimerization domain homodimer N202R mutation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1my7
タイトルNF-kappaB p65 subunit dimerization domain homodimer N202R mutation
要素NF-kappaB p65 (RelA) subunit
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Immunoglobulin (抗体) / Ig / beta-sandwich / beta-sheet (Βシート) / homodimerDNA-binding / Transcription regulation / Activator / Nuclear protein / Phosphorylation (リン酸化)
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of immune response proteins / Regulated proteolysis of p75NTR / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / TRAF6 mediated NF-kB activation / NF-kB is activated and signals survival / PKMTs methylate histone lysines / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation ...SUMOylation of immune response proteins / Regulated proteolysis of p75NTR / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / TRAF6 mediated NF-kB activation / NF-kB is activated and signals survival / PKMTs methylate histone lysines / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of chondrocyte differentiation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / acetaldehyde metabolic process / Downstream TCR signaling / prolactin signaling pathway / NF-kappaB p50/p65 complex / positive regulation of Schwann cell differentiation / CD209 (DC-SIGN) signaling / cellular response to peptidoglycan / ankyrin repeat binding / negative regulation of protein sumoylation / defense response to tumor cell / postsynapse to nucleus signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / cellular response to interleukin-6 / actinin binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to angiotensin / NF-kappaB complex / response to UV-B / interleukin-1-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / vascular endothelial growth factor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of amyloid-beta formation / response to cobalamin / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / phosphate ion binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / general transcription initiation factor binding / NF-kappaB binding / hair follicle development / neuropeptide signaling pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / canonical NF-kappaB signal transduction / response to amino acid / response to cAMP / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of miRNA transcription / liver development / response to progesterone / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to cytokine / response to ischemia / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / peptide binding / animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / response to bacterium / protein catabolic process / response to insulin / negative regulation of protein catabolic process / chromatin DNA binding / defense response / transcription coactivator binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to hydrogen peroxide / histone deacetylase binding / positive regulation of miRNA transcription / cellular response to nicotine / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to tumor necrosis factor / chromatin organization / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to lipopolysaccharide / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to xenobiotic stimulus / 炎症 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / 自然免疫系 / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. ...Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor p65
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Huxford, T. / Mishler, D. / Phelps, C.B. / Huang, D.-B. / Sengchanthalangsy, L.L. / Reeves, R. / Hughes, C.A. / Komives, E.A. / Ghosh, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Solvent exposed non-contacting amino acids play a critical role in NF-kappaB/IkappaB alpha complex formation
著者: Huxford, T. / Mishler, D. / Phelps, C.B. / Huang, D.-B. / Sengchanthalangsy, L.L. / Reeves, R. / Hughes, C.A. / Komives, E.A. / Ghosh, G.
履歴
登録2002年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NF-kappaB p65 (RelA) subunit
B: NF-kappaB p65 (RelA) subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4902
ポリマ－26,4902
非ポリマー00
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.988, 75.072, 108.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-361-

HOH

21B-324-

HOH

31B-391-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NF-kappaB p65 (RelA) subunit


分子量: 13244.971 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 191 - 304 (dimerization domain) / 変異: N202R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: RELA / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04207
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.l M sodium HEPES, 0.2 M sodium tartrate, 2 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES1reservoirpH7.5
30.15-0.2 Msodium tartrate1reservoir
41.9-2.1 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→30 Å / Num. all: 39447 / Num. obs: 36240 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 10.2 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.49→1.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.327 / % possible all: 82.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 368554 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.7 % / Rmerge(I) obs: 0.327

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb id 1bft

1bft


解像度: 1.49→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 3339 -random
Rwork0.233 ---
all0.247 37805 --
obs0.247 33670 89.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1673 0 0 271 1944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.43
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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