PDB-1mv8: 1.55 A crystal structure of a ternary complex of GDP-mannose dehy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mv8

タイトル

1.55 A crystal structure of a ternary complex of GDP-mannose dehydrogenase from Psuedomonas aeruginosa

要素

GDP-mannose 6-dehydrogenase

GDP-マンノース-6-デヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Rossmann fold (ロスマンフォールド) / domain-swapped dimer / enzyme complex with cofactor and product

機能・相同性

機能・相同性情報

GDP-マンノース-6-デヒドロゲナーゼ /

GDP-mannose 6-dehydrogenase activity / alginic acid biosynthetic process / single-species biofilm formation / response to osmotic stress / cellular response to cell envelope stress / NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Snook, C.F. / Tipton, P.A. / Beamer, L.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: The crystal structure of GDP-mannose dehydrogenase: A key enzyme in alginate biosynthesis of P. aeruginosa
著者: Snook, C.F. / Tipton, P.A. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2002年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.4	2018年2月14日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mv8.cif.gz	369.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mv8.ent.gz	295.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mv8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/1mv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/1mv8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mfzC 1muuSC 1mf2 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1muu-2 1x7w-d 1v1m-d 2xbo-d 2zuf-1 1x7y-d 2bfd-d 1x7x-d 1ym7-4 4bof-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GDP-mannose 6-dehydrogenase

B: GDP-mannose 6-dehydrogenase

C: GDP-mannose 6-dehydrogenase

D: GDP-mannose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

197 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GDP-mannose 6-dehydrogenase

B: GDP-mannose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: GDP-mannose 6-dehydrogenase

D: GDP-mannose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.472, 82.472, 309.893
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABCD

#1: タンパク質

GDP-mannose 6-dehydrogenase /

GDP-マンノース-6-デヒドロゲナーゼ / GMD

分子量: 47656.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: AlgD / プラスミド: pET-3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P11759,

GDP-マンノース-6-デヒドロゲナーゼ

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose /

スクロース

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 栄養素

栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照:

スクロース

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 1387分子

#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-GDX / GUANOSINE 5'-(TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE), P'-D-MANNOPYRANOSYL ESTER / グアノシン5′-[二りん酸β-(α-D-マンノピラヌロノシル)] 分子量: 619.325 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₃N₅O₁₇P₂
#5: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#6: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.49 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 8%v/v methyl propane diol, 0.1M Na Acetate, 1mM DTT, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

結晶化

*PLUS

pH: 7.5

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	50 mM	HEPES	1	drop	pH7.5
2	1.0 mM	dithiothreitol	1	drop
3	7.5 mg/ml	protein	1	drop
4	8. %	MPD	1	reservoir
5	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir	pH4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月8日 / 詳細: Rosenbaum-Rock monochromator
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→40 Å / Num. obs: 294277 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / R_merge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 28757 / % possible all: 97
反射	PLUS Num. measured all*: 1557003
反射シェル	PLUS % possible obs*: 97 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
REFMAC	精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1MUU

1muu

解像度: 1.55→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.847 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19441	14342	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17434	-	-	-
all	0.17535	-	-	-
obs	0.1753	269565	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.287 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13141	0	362	1376	14879

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	13741
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.389	1.999	18699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.742	3	29191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.816	3	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.173	15	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	15099
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.3	2961
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.3	12237
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.5	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.477	0.5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.336	0.3	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.238	0.3	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.229	0.5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.45	1.5	8628
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.834	2	13882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.571	3	5113
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.523	4.5	4817

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.591 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.266	1025
R_work	0.251	19437

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3682	-0.0285	0.0806	0.2249	-0.0725	0.2528	0.0058	0.0684	0.066	-0.0493	0.031	0.0014	-0.0012	0.0365	-0.0368	0.0753	-0.0089	0.005	0.1293	0.0249	0.1014	-27.2949	5.1333	-29.2433
2	0.268	-0.0126	0.0411	0.1986	0.0762	0.3202	-0.0039	-0.0212	0.0448	0.0336	0.0444	0.0074	-0.0135	-0.0044	-0.0406	0.0708	0.0097	0.0065	0.1148	0.004	0.1022	-31.6081	5.9149	-4.3399
3	0.1899	0.0235	-0.1346	0.1786	-0.0813	0.2837	-0.001	-0.0169	-0.0177	0.0437	0.0262	-0.0026	0.0091	0.0314	-0.0252	0.0782	0.0087	-0.0023	0.1308	0.0056	0.086	-28.899	-34.9367	-2.8381
4	0.1393	-0.0175	-0.0888	0.1541	0.0528	0.2817	-0.0003	0.0021	-0.021	-0.0224	0.0206	0.0066	0.0197	-0.017	-0.0203	0.0746	-0.006	-0.002	0.1236	0.0062	0.0944	-33.2488	-35.8995	-27.967

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 436	1 - 436
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 436	1 - 436
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 436	1 - 436
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 436	1 - 436

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.55 Å / 最低解像度: 40 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor obs: 0.175 / R_factor R_free: 0.194 / R_factor R_work: 0.174

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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