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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1muu | |||||||||
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タイトル | 2.0 A crystal structure of GDP-mannose dehydrogenase | |||||||||
要素 | GDP-mannose 6-dehydrogenaseGDP-マンノース-6-デヒドロゲナーゼ | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / domain-swapped dimer / enzyme complex with cofactor and product | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GDP-マンノース-6-デヒドロゲナーゼ / GDP-mannose 6-dehydrogenase activity / alginic acid biosynthetic process / single-species biofilm formation / response to osmotic stress / cellular response to cell envelope stress / NAD binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å | |||||||||
データ登録者 | Snook, C.F. / Tipton, P.A. / Beamer, L.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of GDP-mannose dehydrogenase: A key enzyme of alginate biosynthesis in P. aeruginosa 著者: Snook, C.F. / Tipton, P.A. / Beamer, L.J. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Allosterism and cooperativity in Pseudomonas aeruginosa GDP-mannose dehydrogenase 著者: Naught, L.E. / Gilbert, S. / Imhoff, R. / Snook, C. / Beamer, L. / Tipton, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1muu.cif.gz | 348.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1muu.ent.gz | 283.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1muu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/1muu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/1muu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48078.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: algD / プラスミド: pET-3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P11759, GDP-マンノース-6-デヒドロゲナーゼ #2: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose / スクロース | #3: 化合物 | ChemComp-NAD / #4: 化合物 | ChemComp-GDX / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 323 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 8% MPD, 100 mM Na acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 323K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934, 0.97947, 0.94225 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 128981 / Num. obs: 128981 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.103 Å / % possible all: 90.2 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 129450 / % possible obs: 99.7 % / Num. measured all: 975001 / Rmerge(I) obs: 0.088 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.02→50 Å / SU B: 5.66747 / SU ML: 0.15707 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.18769 / ESU R Free: 0.15821 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: TLS refinement with 4 chains in asu
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.58 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2605 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.02→2.08 Å /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.234 / Rfactor Rwork: 0.209 / 最高解像度: 2.02 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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