[日本語] English
万見
- PDB-1mr0: SOLUTION NMR STRUCTURE OF AGRP(87-120; C105A) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mr0
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF AGRP(87-120; C105A)
要素AGOUTI RELATED PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / RATIONAL PROTEIN DESIGN / ICK / INHIBITOR CYSTINE KNOT / AGRP / AGOUTI-RELATED PROTEIN / MELANOCORTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


long-day photoperiodism / type 1 melanocortin receptor binding / positive regulation of feeding behavior / adult feeding behavior / regulation of feeding behavior / neuropeptide hormone activity / feeding behavior / eating behavior / neuropeptide signaling pathway / maternal process involved in female pregnancy ...long-day photoperiodism / type 1 melanocortin receptor binding / positive regulation of feeding behavior / adult feeding behavior / regulation of feeding behavior / neuropeptide hormone activity / feeding behavior / eating behavior / neuropeptide signaling pathway / maternal process involved in female pregnancy / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / hormone-mediated signaling pathway / response to insulin / Golgi lumen / 概日リズム / signaling receptor binding / neuronal cell body / extracellular space
類似検索 - 分子機能
アグーチ / Agouti domain / Agouti domain superfamily / Agouti protein / Agouti domain profile. / Agouti domain signature. / Agouti protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Agouti-related protein
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Jackson, P.J. / Mcnulty, J.C. / Yang, Y.K. / Thompson, D.A. / Chai, B. / Gantz, I. / Barsh, G.S. / Millhauser, G.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Design, pharmacology, and NMR structure of a minimized cystine knot with agouti-related protein activity.
著者: Jackson, P.J. / McNulty, J.C. / Yang, Y.K. / Thompson, D.A. / Chai, B. / Gantz, I. / Barsh, G.S. / Millhauser, G.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: High Resolution NMR Structure of the Chemically-Synthesized Melanocortin Receptor Binding Domain of Agrp(87-132) of the Agouti-Related Protein.
著者: Mcnulty, J.C. / Thompson, D.A. / Bolin, K.A. / Wilken, J. / Barsh, G.S. / Millhauser, G.M.
履歴
登録2002年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年10月2日ID: 1MC6
改定 1.02002年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AGOUTI RELATED PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9131
ポリマ－3,9131
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)40 / 1000target function
代表モデルモデル #1lowest target function

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド AGOUTI RELATED PROTEIN


分子量: 3912.590 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 87-120 / 変異: C105A / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS NATURALLY FOUND IN HOMO SAPIENS. THE SYNTHETIC METHOD IS STANDARD SOLID-PHASE SYNTHESIS FOLLOWED BY AQUEOUS OXIDATIVE FOLDING.
参照: UniProt: O00253

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D-NOESY
121DQF-COSY
131TOCSY
242TOCSY(HX)
NMR実験の詳細Text: THE NOESY, TOCSY AND DQF-COSY EXPERIMENTS WERE PERFORMED AT 800 MHZ; THE HX STUDY WAS CONDUCTED AT 500 MHZ.

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.7 MM AGRP(87-120 NATURAL ABUNDANCE OF ALL NUCLEI.pH 5.0 20 mM PERDEUTERATED ACETIC ACID
21.6 MM AGRP(87-120; C105A), NATURAL ABUNDANCE OF ALL NUCLEI.pH 4.0 200 mM PERDEUTERATED ACETIC ACID
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM PERDEUTERATED ACETIC ACID 5.0 1 atm288 K
2200 mM PERDEUTERATED ACETIC ACID 4.0 1 atm288 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS8001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1BKrish Krishamurthy, Evan Williams, Steve Cheathum, Frtis Vosman, Dan Iverson, Michael Carlisle, Dan Steele, James Welchcollection
MNMR940501Department of Chemistry,Carlsberg Laboratory, Copenhagen, Denmark解析
DYANA1.5Guntert, P., Mumenthaler, C., and Wuthrich, K.構造決定
XEASY1.2Bartels, C., Xia, T. H., Billeter, M., Guntert, P., and Wuthrich, K.データ解析
DYANA1.5Guntert, P., Mumenthaler, C., and Wuthrich, K.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE CALCULATIONS WERE ASSISTED WITH AUTOMATED ASSIGNMENT. FINAL STRUCTURES WERE CALCULATED USING 602 NOE-BASED UPPER LIMIT RESTRAINTS AND 23 ALPHA-TO- AMIDE 3-BOND J-COUPLING CONSTANTS.
代表構造選択基準: lowest target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 40

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る