+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mqm | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | BHA/LSTa | |||||||||
要素 | (Hemagglutinin ...ヘマグルチニン) x 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / influenza virus (オルトミクソウイルス科) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | ha, y. / steven, d.j. / skehel, j.j. / wiley, d.c. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2003 タイトル: X-ray structure of the hemagglutinin of a potential H3 avian progenitor of the 1968 Hong Kong pandemic influenza virus. 著者: Ha, Y. / Stevens, D.J. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mqm.cif.gz | 300 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1mqm.ent.gz | 249.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mqm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/1mqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/1mqm | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ADGBEH
#1: タンパク質 | 分子量: 36285.672 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 17-345 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 参照: UniProt: P03442 #2: タンパク質 | 分子量: 25574.973 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 346-566 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 参照: UniProt: P03442 |
---|
-糖 , 5種, 17分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | #5: 多糖 | #6: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
---|
-非ポリマー , 1種, 96分子
#8: 水 | ChemComp-HOH / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.32 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Na citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 83196 / Num. obs: 70051 / % possible obs: 84.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.6 Å / % possible all: 84.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.4 % / Rmerge(I) obs: 0.595 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.29 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.513 / Rfactor Rwork: 0.487 |