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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mmz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of galactose mutarotase from Lactococcus lactis complexed with L-arabinose | ||||||
要素 | Aldose 1-epimeraseアルドース-1-エピメラーゼ | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / epimerase / sugar binding (砂糖) / galactosemia (ガラクトース血症) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アルドース-1-エピメラーゼ / aldose 1-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / glucose metabolic process / carbohydrate binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactococcus lactis (乳酸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Thoden, J.B. / Kim, J. / Raushel, R.M. / Holden, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Structural and kinetic studies of sugar binding to galactose mutarotase from Lactococcus lactis. 著者: Thoden, J.B. / Kim, J. / Raushel, F.M. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mmz.cif.gz | 155.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mmz.ent.gz | 121.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mmz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/1mmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/1mmz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38622.957 Da / 分子数: 2 / 変異: E2S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: GALM / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q9ZB17, アルドース-1-エピメラーゼ #2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG-5000-OMe, MES, L-arabinose, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2002年2月25日 / 詳細: goebel optics |
放射 | モノクロメーター: goebel optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 65141 / Num. obs: 65141 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 7431 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 88.2 |
反射 | *PLUS 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 1.9 % / Num. unique obs: 7431 / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PSB entry 1L7J 解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5F / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.23 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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