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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mjl | ||||||
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タイトル | METHIONINE REPRESSOR MUTANT (Q44K) COMPLEX WITH THE COREPRESSOR SAM (S-ADENOSYL METHIONINE) FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
![]() | METHIONINE REPRESSOR PROTEIN METJ | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() methionine biosynthetic process / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Garvie, C.W. / Phillips, S.E.V. | ||||||
![]() | ジャーナル: Thesis, University of Leeds / 年: 1997 タイトル: Crystallographic studies of the methionine repressor-operator complex and the oc31 42kDa repressor 著者: Garvie, C.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1cmcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12028.607 Da / 分子数: 2 / 変異: Q44K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % |
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結晶化![]() | pH: 7 詳細: PROTEIN (10MG/ML) + SAM (1MG/ ML) WAS CRYSTALLIZED FROM 10-30% PEG 600, 100MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 4.6-5.2., pH 7.0 PH範囲: 4.6-5.2 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年3月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.1→28 Å / Num. obs: 10414 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 86.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1CMC 解像度: 2.1→28 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 3.86 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.287 / Rfactor Rwork: 0.241 |