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万見
- PDB-1m6e: CRYSTAL STRUCTURE OF SALICYLIC ACID CARBOXYL METHYLTRANSFERASE (SAMT) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m6e
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SALICYLIC ACID CARBOXYL METHYLTRANSFERASE (SAMT)
要素S-adenosyl-L-methionine:salicylic acid carboxyl methyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / protein-small molecule complex
機能・相同性
機能・相同性情報


salicylate 1-O-methyltransferase / methyltransferase activity / メチル化 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, alpha-helical capping domain / Methyltransferase, alpha-helical capping domain / SAM dependent carboxyl methyltransferase / SAM dependent carboxyl methyltransferase / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Methyltransferase, alpha-helical capping domain / Methyltransferase, alpha-helical capping domain / SAM dependent carboxyl methyltransferase / SAM dependent carboxyl methyltransferase / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-アデノシル-L-ホモシステイン / サリチル酸 / Salicylate carboxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Clarkia breweri (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zubieta, C. / Ross, J.R. / Koscheski, P. / Yang, Y. / Pichersky, E. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for Substrate Recognition in The Salicylic Acid Carboxyl Methyltransferase Family
著者: Zubieta, C. / Ross, J.R. / Koscheski, P. / Yang, Y. / Pichersky, E. / Noel, J.P.
履歴
登録2002年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: S-adenosyl-L-methionine:salicylic acid carboxyl methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0294
ポリマ－40,3311
非ポリマー6973
水25214
1
X: S-adenosyl-L-methionine:salicylic acid carboxyl methyltransferase
ヘテロ分子

X: S-adenosyl-L-methionine:salicylic acid carboxyl methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0578
ポリマ－80,6622
非ポリマー1,3956
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)141.740, 141.740, 63.983
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細the biological assembly is a dimer formed by y,x,1-z

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要素

#1: タンパク質 S-adenosyl-L-methionine:salicylic acid carboxyl methyltransferase


分子量: 40331.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clarkia breweri (植物) / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SPV4
#2: 化合物 ChemComp-LU / LUTETIUM (III) ION / LU / ルテチウム


分子量: 174.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Lu
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸 / サリチル酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.0-2.2 Mammonium sulfate1reservoir
20.5 mMSA1reservoir
30.05 M3-(N-morpholino)-propanesulfonic acid-Na+1reservoirpH7.5
450 mMTris-HCl1droppH7.5
5100 mM1dropKCl
65 mMbeta-mercaptoethanol1drop
78 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1801
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.6983,1.3407,1.3411
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si (111) sagitally focusedSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si (111) sagitally focusedMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.69831
21.34071
31.34111
反射解像度: 2.9→24.81 Å / Num. all: 13537 / Num. obs: 13537 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 66.7 Å2
反射 シェル解像度: 3→3.19 Å / Num. unique all: 2086 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 99 Å / Num. obs: 27353 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.427

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→24.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 4214998.49 / Data cutoff high rms absF: 4214998.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 673 5 %random
Rwork0.2253 ---
all-13537 --
obs-13537 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.7732 Å2 / ksol: 0.276532 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 66.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.59 Å20 Å20 Å2
2---26.87 Å20 Å2
3---40.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→24.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2826 0 37 14 2877
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.44
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it9.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.962.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 133 -
Rwork0.328 --
obs-2086 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2sah_para.txtsah_topo.txt
X-RAY DIFFRACTION3sal_para.txtsal_topo.txt
X-RAY DIFFRACTION4lu_para.txtlu_topo.txt
X-RAY DIFFRACTION5water.paramwater.top
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 99 Å / Rfactor Rwork: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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