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万見
- PDB-1m19: LIGAND BINDING ALTERS THE STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEOSOMAL DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m19
タイトルLIGAND BINDING ALTERS THE STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEOSOMAL DNA
要素
  • Histone H2A type 1
  • Histone H2BヒストンH2B
  • Histone H3.3C
  • Histone H4ヒストンH4
  • Palindromic 146 Base Pair DNA Fragment
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA (構造) / nucleosome (ヌクレオソーム) / chromatin (クロマチン) / histone (ヒストン) / pyrrole-imidazole polyamide / DNA regognition / chromatin remodeling (クロマチンリモデリング) / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX (構造)
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / DNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A ...Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / Β-アラニン / 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) / 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID / : / 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / ヒストンH2B ...GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / Β-アラニン / 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) / 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID / : / 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / ヒストンH2B / ヒストンH4 / Histone H2B 1.1 / Histone H3.3C / Histone H2A type 1 / ヒストンH4
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Suto, R.K. / Edayathumangalam, R.S. / White, C.L. / Melander, C. / Gottesfeld, J.M. / Dervan, P.B. / Luger, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structures of Nucleosome Core Particles in Complex with Minor Groove DNA-binding Ligands
著者: Suto, R.K. / Edayathumangalam, R.S. / White, C.L. / Melander, C. / Gottesfeld, J.M. / Dervan, P.B. / Luger, K.
履歴
登録2002年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_src_gen / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN THE PYRROLE-IMIDAZOLE POLYAMIDE CONSISTS OF THE FOLLOWING GROUPS LINKED BY PEPTIDE BONDS. ...HETEROGEN THE PYRROLE-IMIDAZOLE POLYAMIDE CONSISTS OF THE FOLLOWING GROUPS LINKED BY PEPTIDE BONDS. IMT-PYB-PYB-PYB-ABU-PYB-PYB-PYB-PYB-BAL-DIB IMT = 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID PYB = 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID ABU = GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID; GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID BAL = BETA-ALANINE DIB = 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE)
Remark 999SEQUENCE AUTHOR INDICATES ARG-SER DISCREPANCY AT RESIDUE 86 IS A CONFLICT BETWEEN SEQUENCE AND ...SEQUENCE AUTHOR INDICATES ARG-SER DISCREPANCY AT RESIDUE 86 IS A CONFLICT BETWEEN SEQUENCE AND SEQUENCE DATABASE REFERENCE SWISSPROT ENTRY P02302. SER WAS CRYSTALLIZED AT POSITION 486,686 FOR CHAINS A,E. AUTHOR INFORMS GLY-ARG MISMATCH AT RESIDUE 899,1099 (CHAINS C,G) AND SER-THR MISMATCH AT RESIDUE 1229,1429 (CHAINS D,H) ARE VARIANTS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Palindromic 146 Base Pair DNA Fragment
J: Palindromic 146 Base Pair DNA Fragment
A: Histone H3.3C
B: Histone H4
C: Histone H2A type 1
D: Histone H2B
E: Histone H3.3C
F: Histone H4
G: Histone H2A type 1
H: Histone H2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,58476
ポリマ－198,89710
非ポリマー7,68766
水11,836657
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.045, 109.662, 183.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 1種, 2分子 IJ

#1: DNA鎖 Palindromic 146 Base Pair DNA Fragment


分子量: 45054.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)

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タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#2: タンパク質 Histone H3.3C


分子量: 15320.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: h3-5 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02302
#3: タンパク質 Histone H4 / ヒストンH4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: LOC121398084 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8J1LTD2, UniProt: P62799*PLUS
#4: タンパク質 Histone H2A type 1


分子量: 13962.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06897
#5: タンパク質 Histone H2B / ヒストンH2B


分子量: 13848.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: LOC108704303 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8J0U496, UniProt: P02281*PLUS

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非ポリマー , 7種, 723分子

#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物
ChemComp-IMT / 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID


分子量: 141.128 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H7N3O2
#8: 化合物...
ChemComp-PYB / 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID / 1-メチル-4-アミノ-1H-ピロ-ル-2-カルボン酸


分子量: 140.140 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8N2O2
#9: 化合物
ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA / Γ-アミノ酪酸


分子量: 103.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2 / コメント: 神経伝達物質, 阻害剤*YM
#10: 化合物
ChemComp-BAL / BETA-ALANINE / β-アラニン / Β-アラニン


タイプ: peptide-likeペプチド / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#11: 化合物
ChemComp-DIB / 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) / N,N-ジメチル-1,3-プロパンジアミン / Dimethylaminopropylamine


分子量: 102.178 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14N2
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 657 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
140-45 mM1reservoirMnCl2
235-38.8 mM1reservoirKCl
320 mMpotassium cacodylate1droppH6.0
44 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→80 Å / Num. all: 96437 / Num. obs: 93443 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル最高解像度: 2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 93.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 80 Å / % possible obs: 99 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AOI

1aoi


解像度: 2.3→80 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2526 2825 -random
Rwork0.2139 ---
all-96250 --
obs-93443 97.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→80 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6065 5980 456 657 13158
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 80 Å / Num. reflection all: 96437 / Num. reflection obs: 93612 / Rfactor Rfree: 0.253 / Rfactor Rwork: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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