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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lar | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM PHOSPHATASE DOMAINS OF RPTP LAR | ||||||
要素 | PROTEIN (LAR) | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / TYROSINE PHOSPHATEASE / LAR PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chondroitin sulfate proteoglycan binding / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / neuron projection regeneration / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / synaptic membrane adhesion / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / Synaptic adhesion-like molecules / regulation of axon regeneration / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / cell adhesion molecule binding ...chondroitin sulfate proteoglycan binding / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / neuron projection regeneration / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / synaptic membrane adhesion / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / Synaptic adhesion-like molecules / regulation of axon regeneration / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / cell adhesion molecule binding / Insulin receptor recycling / プロテインチロシンホスファターゼ / negative regulation of receptor binding / protein tyrosine phosphatase activity / 遊走 / heparin binding / receptor complex / 細胞接着 / neuron projection / neuronal cell body / protein-containing complex binding / extracellular exosome / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Nam, H.-J. / Poy, F. / Krueger, N. / Saito, H. / Frederick, C.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of the tandem phosphatase domains of RPTP LAR. 著者: Nam, H.J. / Poy, F. / Krueger, N.X. / Saito, H. / Frederick, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lar.cif.gz | 235.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lar.ent.gz | 188.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lar.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/1lar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/1lar | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1yfoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999298, -0.034489, 0.014624), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66092.094 Da / 分子数: 2 / 断片: PHOSPHATASE / 変異: P1307M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 参照: UniProt: P10586, プロテインチロシンホスファターゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.91 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1997年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 81312 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 267242 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1YFO 解像度: 2→50 Å / 交差検証法: THROUGHTOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |