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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kuv | ||||||
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タイトル | X-ray Crystallographic Studies of Serotonin N-acetyltransferase Catalysis and Inhibition | ||||||
要素 | Serotonin N-acetyltransferaseAralkylamine N-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Enzyme-Inhibitor Complex / Bisubstrate Analog / Alternate Conformations | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aralkylamine N-acetyltransferase / melatonin biosynthetic process / aralkylamine N-acetyltransferase activity / N-terminal protein amino acid acetylation / cellular response to cAMP / 概日リズム / perinuclear region of cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ovis aries (ヒツジ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Wolf, E. / De Angelis, J. / Khalil, E.M. / Cole, P.A. / Burley, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: X-ray crystallographic studies of serotonin N-acetyltransferase catalysis and inhibition. 著者: Wolf, E. / De Angelis, J. / Khalil, E.M. / Cole, P.A. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kuv.cif.gz | 54.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kuv.ent.gz | 38.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kuv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/1kuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/1kuv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23111.568 Da / 分子数: 1 / 変異: MET substituted by Se-met / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: U29663 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q29495, aralkylamine N-acetyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA5 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.81 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 2000, MPD, ammonium sulfate, MES pH 6.5, magnesium acetate, DTT, spermidine, and lithium chloride. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K, temperature 277.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. all: 11494 / Num. obs: 10517 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 16.3 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / Num. unique all: 1148 / Rsym value: 0.123 / % possible all: 79.5 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 25 Å / % possible obs: 92 % / Num. measured all: 86780 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Structure was solved based on MAD data collected in the vicinity of the bromine and selenium edges. Ligand density was identified by difference fourier. The final model (protein and ligand) ...詳細: Structure was solved based on MAD data collected in the vicinity of the bromine and selenium edges. Ligand density was identified by difference fourier. The final model (protein and ligand) was refined at 2.0 Angstrom
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 10057 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.203 / Rfactor Rfree: 0.25 | |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |