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万見
- PDB-1kog: Crystal structure of E. coli threonyl-tRNA synthetase interacting... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kog
タイトルCrystal structure of E. coli threonyl-tRNA synthetase interacting with the essential domain of its mRNA operator
要素
  • Threonyl-tRNA synthetase
  • Threonyl-tRNA synthetase mRNA
キーワードLIGASE/RNA / Protein-RNA complex / RNA stem-loop / RNA double helix / RNA base triples / LIGASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA ligase activity / threonyl-tRNA aminoacylation / トレオニンtRNAリガーゼ / threonine-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA editing activity / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 5'-UTR binding ...tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA ligase activity / threonyl-tRNA aminoacylation / トレオニンtRNAリガーゼ / threonine-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA editing activity / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / tRNA binding / response to antibiotic / protein homodimerization activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / TGS domain / Anticodon-binding domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS domain profile. ...Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / TGS domain / Anticodon-binding domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Beta-grasp domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-(N-(L-THREONYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / リボ核酸 / RNA (> 10) / Threonine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Torres-Larrios, A. / Dock-Bregeon, A.C. / Romby, P. / Rees, B. / Sankaranarayanan, R. / Caillet, J. / Springer, M. / Ehresmann, C. / Ehresmann, B. / Moras, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structural basis of translational control by Escherichia coli threonyl tRNA synthetase.
著者: Torres-Larios, A. / Dock-Bregeon, A.C. / Romby, P. / Rees, B. / Sankaranarayanan, R. / Caillet, J. / Springer, M. / Ehresmann, C. / Ehresmann, B. / Moras, D.
履歴
登録2001年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
I: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
J: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
K: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
L: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
M: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
N: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
O: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
P: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
A: Threonyl-tRNA synthetase
B: Threonyl-tRNA synthetase
C: Threonyl-tRNA synthetase
D: Threonyl-tRNA synthetase
E: Threonyl-tRNA synthetase
F: Threonyl-tRNA synthetase
G: Threonyl-tRNA synthetase
H: Threonyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)472,57632
ポリマ－468,47316
非ポリマー4,10316
水3,063170
1
I: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
J: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
A: Threonyl-tRNA synthetase
B: Threonyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,1448
ポリマ－117,1184
非ポリマー1,0264
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
L: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
C: Threonyl-tRNA synthetase
D: Threonyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,1448
ポリマ－117,1184
非ポリマー1,0264
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
M: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
N: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
E: Threonyl-tRNA synthetase
F: Threonyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,1448
ポリマ－117,1184
非ポリマー1,0264
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
O: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
G: Threonyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子

O: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
G: Threonyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,1448
ポリマ－117,1184
非ポリマー1,0264
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
5
P: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
H: Threonyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子

P: Threonyl-tRNA synthetase mRNA
H: Threonyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,1448
ポリマ－117,1184
非ポリマー1,0264
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)188.450, 101.740, 199.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.40, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

-
要素

#1: RNA鎖
Threonyl-tRNA synthetase mRNA


分子量: 11833.979 Da / 分子数: 8
変異: U(-49)G, U(-48)G, U(-71)C, A(-15)G, A(-14)C, A(-13)C
由来タイプ: 合成
詳細: This is the natural sequence of domain D2 of the trs mRNA operator from E. coli, covering residues -49 to -13 (69 to 105 in the present coordinate file) of E.coli trs mRNA, except for the ...詳細: This is the natural sequence of domain D2 of the trs mRNA operator from E. coli, covering residues -49 to -13 (69 to 105 in the present coordinate file) of E.coli trs mRNA, except for the first 3 base pairs. It was synthesized in vitro by T7 transcription.
#2: タンパク質
Threonyl-tRNA synthetase


分子量: 46725.180 Da / 分子数: 8
Fragment: Catalytic and anticodon binding domains (residues 242 to 642)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8M3, トレオニンtRNAリガーゼ
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-TSB / 5'-O-(N-(L-THREONYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / 5′-O-(L-トレオニルスルファモイル)アデノシン


分子量: 447.424 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21N7O8S
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: ammonium sulfate, magnesium chloride, cacodylate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2MgCl211
3cacodylateカコジル酸11
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11.9 M1
30.088 mMdeltaNThrRS12
40.200 mMd2RNA12
510 mM12MgCl2
610 mMThrAMS12
2sodium cacodylate1pH6.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.46→30 Å / Num. all: 88408 / Num. obs: 88408 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.74 % / Biso Wilson estimate: 82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 3.46→3.58 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 8790 / % possible all: 82.8
反射
*PLUS
最低解像度: 29.8 Å / Num. measured all: 330893 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.8 % / Num. unique obs: 8790 / Num. measured obs: 33319 / Rmerge(I) obs: 0.346

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: THREONYL-TRNA SYNTHETASE CORE (PDB CODE: 1EVL)

1evl


解像度: 3.5→29.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 7774 9.9 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.251 78341 90 %-
all-87032 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 72.2087 Å2 / ksol: 0.247445 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 94.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.92 Å20 Å24.34 Å2
2--29.09 Å20 Å2
3----12.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.49 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26224 6280 248 170 32922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.073
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.124
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.834
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.065
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 792 9.6 %
Rwork0.327 7475 -
obs--76.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TSA_NEW.PARTSA_NEW.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 78345 / Num. reflection Rfree: 7775 / Rfactor obs: 0.251 / Rfactor Rfree: 0.288 / Rfactor Rwork: 0.251
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.33
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.365 / Num. reflection Rfree: 793 / Rfactor Rwork: 0.328 / Num. reflection Rwork: 7473 / Rfactor obs: 0.328

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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