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- PDB-1kmi: CRYSTAL STRUCTURE OF AN E.COLI CHEMOTAXIS PROTEIN, CHEZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kmi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN E.COLI CHEMOTAXIS PROTEIN, CHEZ
要素
  • Chemotaxis protein cheY走化性
  • Chemotaxis protein cheZ走化性
キーワードSIGNALING PROTEIN / four-helix bundle (ヘリックスバンドル)
機能・相同性
機能・相同性情報


methyl accepting chemotaxis protein complex / bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / histidine phosphotransfer kinase activity / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis ...methyl accepting chemotaxis protein complex / bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / histidine phosphotransfer kinase activity / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity / protein acetylation / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / protein dephosphorylation / 走化性 / magnesium ion binding / シグナル伝達 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Single helix bin / Chemotaxis phosphatase, CheZ / Chemotaxis phosphatase, CheZ / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator ...Helix hairpin bin / Single helix bin / Chemotaxis phosphatase, CheZ / Chemotaxis phosphatase, CheZ / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Chemotaxis protein CheY / Protein phosphatase CheZ / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhao, R. / Collins, E.J. / Bourret, R.B. / Silversmith, R.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure and catalytic mechanism of the E. coli chemotaxis phosphatase CheZ.
著者: Zhao, R. / Collins, E.J. / Bourret, R.B. / Silversmith, R.E.
履歴
登録2001年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: Chemotaxis protein cheY
Z: Chemotaxis protein cheZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3655
ポリマ－38,1112
非ポリマー2533
水0
1
Y: Chemotaxis protein cheY
Z: Chemotaxis protein cheZ
ヘテロ分子

Y: Chemotaxis protein cheY
Z: Chemotaxis protein cheZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,73010
ポリマ－76,2234
非ポリマー5076
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area12360 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area31500 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)163.280, 163.280, 54.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological (CheY/CheZ)2 dimer is made of two (CheY/CheZ) monomeric complexes which are related by a crystallographic two-fold symmetry.

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis protein cheY / 走化性 / CHEY


分子量: 14112.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K0642RECA-PRBB40 / 参照: UniProt: P06143, UniProt: P0AE67*PLUS
#2: タンパク質 Chemotaxis protein cheZ / 走化性 / CHEZ


分子量: 23999.037 Da / 分子数: 1 / Mutation: E134K / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K0642RECA-PRBB40 / 参照: UniProt: P0A9H9
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#5: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン / ビシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: isopropanol, ammonium acetate, bicine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.264 mMCheY1drop
23.6 mM1dropBeCl2
310 mM1dropNaF
410 mM1dropMgCl2
50.264 mMCheZ E134K1drop
60.1 MBicine1reservoirpH8.5
70.2 Mammonium acetate1reservoir
830 %(v/v)isopropanol1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
22001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.0087
シンクロトロンNSLS X4A20.9789,0.9786,0.9562,1.6490,1.6486,1.5853
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2000年8月20日mirror
BRANDEIS - B42CCD2000年9月21日mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1KOHZU double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2non-dispersive double crystal monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00871
20.97891
30.97861
40.95621
51.6491
61.64861
71.58531
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 14532 / Num. obs: 14532 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1449 / % possible all: 0.896
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / % possible obs: 89.6 % / Rmerge(I) obs: 0.457

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1FQW AS A PARTIAL MODEL

1fqw


解像度: 2.9→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.298 563 random
Rwork0.279 --
all-14532 -
obs-11330 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 16 0 2385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.54
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.245
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 10767 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.298 / Rfactor Rwork: 0.279
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.54
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.245
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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