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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ki1 | ||||||
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タイトル | Guanine Nucleotide Exchange Region of Intersectin in Complex with Cdc42 | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / Protein-Protein complex / DH domain / PH domain / Rho GTPase (RhoファミリーGタンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / GBD domain binding / submandibular salivary gland formation / actin filament branching / Golgi transport complex / positive regulation of pinocytosis / modification of synaptic structure / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / Cdc42 protein signal transduction / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis ...clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / GBD domain binding / submandibular salivary gland formation / actin filament branching / Golgi transport complex / positive regulation of pinocytosis / modification of synaptic structure / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / Cdc42 protein signal transduction / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / positive regulation of synapse structural plasticity / dendritic cell migration / storage vacuole / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / apolipoprotein A-I receptor binding / neuron fate determination / modulation by host of viral process / GTP-dependent protein binding / organelle transport along microtubule / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of pseudopodium assembly / Inactivation of CDC42 and RAC1 / cardiac conduction system development / regulation of filopodium assembly / establishment of Golgi localization / leading edge membrane / neuropilin signaling pathway / positive regulation of intracellular protein transport / cell junction assembly / filopodium assembly / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of modification of postsynaptic structure / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / dendritic spine morphogenesis / thioesterase binding / embryonic heart tube development / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate KTN1 / regulation of lamellipodium assembly / proline-rich region binding / nuclear migration / DCC mediated attractive signaling / adherens junction organization / 血管新生 / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of filopodium assembly / regulation of postsynapse organization / endosomal transport / regulation of mitotic nuclear division / phagocytosis, engulfment / RHOV GTPase cycle / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of Rho protein signal transduction / intracellular vesicle / NRAGE signals death through JNK / heart contraction / Myogenesis / RHOJ GTPase cycle / エキソサイトーシス / RHOQ GTPase cycle / Golgi organization / positive regulation of cytokinesis / RHO GTPases activate PAKs / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / macrophage differentiation / RHOG GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAC2 GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / RAC3 GTPase cycle / spindle midzone / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / クラスリン / phagocytic vesicle / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / 分泌 / positive regulation of DNA replication / filopodium / integrin-mediated signaling pathway / RHO GTPases Activate Formins / actin filament organization / regulation of actin cytoskeleton organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / EGFR downregulation / positive regulation of JNK cascade / MAPK6/MAPK4 signaling / Schaffer collateral - CA1 synapse 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Snyder, J.T. / Pruitt, W.M. / Der, C.J. / Sondek, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002 タイトル: Structural basis for the selective activation of Rho GTPases by Dbl exchange factors. 著者: Snyder, J.T. / Worthylake, D.K. / Rossman, K.L. / Betts, L. / Pruitt, W.M. / Siderovski, D.P. / Der, C.J. / Sondek, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ki1.cif.gz | 218.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ki1.ent.gz | 176.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ki1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/1ki1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/1ki1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20942.070 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-188 / 変異: C188S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P60953 #2: タンパク質 | 分子量: 40936.523 Da / 分子数: 2 断片: Dbl homology and Pleckstrin homology domains (residues 1229-1580) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15811 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9787, 0.9792 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月15日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 64188 / Num. obs: 61357 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 34 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 5135 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 80.5 | |||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 55366 / % possible obs: 85.3 % / Num. measured all: 572588 / Rmerge(I) obs: 0.076 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.6 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→15 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.231 / Rfactor Rfree: 0.247 / Rfactor Rwork: 0.231 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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