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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kgw | |||||||||
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タイトル | THREE DIMENSIONAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE R337Q VARIANT OF HUMAN PANCREATIC ALPHA-MYLASE | |||||||||
要素 | ALPHA-AMYLASE, PANCREATIC | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ALPHA-AMYLASE / CHLORIDE BINDING (塩化物) / PICHIA PASTORIS / MUTAGENESIS / CATALYSIS / PANCREATIC (膵臓) / ENZYME (酵素) / HUMAN (ヒト) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / alpha-amylase / carbohydrate catabolic process / alpha-amylase activity / chloride ion binding / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Numao, S. / Maurus, R. / Sidhu, G. / Wang, Y. / Overall, C.M. / Brayer, G.D. / Withers, S.G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Probing the role of the chloride ion in the mechanism of human pancreatic alpha-amylase. 著者: Numao, S. / Maurus, R. / Sidhu, G. / Wang, Y. / Overall, C.M. / Brayer, G.D. / Withers, S.G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kgw.cif.gz | 115.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kgw.ent.gz | 86.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kgw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/1kgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/1kgw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55902.238 Da / 分子数: 1 / 変異: R377Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P04746, alpha-amylase |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 詳細: Brayer, G.D., (2000) Biochemistry, 39, 4778. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 29654 / Num. obs: 29654 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 3.8 % / Num. measured all: 297678 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.14 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BSI 解像度: 2.1→10 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.6 Å2 | ||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.19 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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