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- PDB-1key: Crystal Structure of Mouse Testis/Brain RNA-binding Protein (TB-RBP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1key
タイトルCrystal Structure of Mouse Testis/Brain RNA-binding Protein (TB-RBP)
要素translin
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA-binding protein (RNA結合タンパク質) / tetramer/octamer assembly / apoTB-RBP
機能・相同性
機能・相同性情報


Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / RNA endonuclease activity / single-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mRNA binding / protein-containing complex binding / 小胞体 / RNA binding / 核質 ...Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / RNA endonuclease activity / single-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mRNA binding / protein-containing complex binding / 小胞体 / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translin; domain 2 / Translin; domain 1 / Translin, N-terminal / Translin, C-terminal / Translin / Translin family / Translin superfamily / Translin family / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Pascal, J.M. / Hart, P.J. / Hecht, N.B. / Robertus, J.D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of TB-RBP, a Novel RNA-binding and Regulating Protein
著者: Pascal, J.M. / Hart, P.J. / Hecht, N.B. / Robertus, J.D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Mouse testis-brain RNA-binding protein (TB-RBP): expression, purification, and crystal X-ray diffraction
著者: Pascal, J.M. / Chennathukuzhi, V.M. / Hecht, N.B. / Robertus, J.D.
履歴
登録2001年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). Applying the 2-fold crystallographic operator (along the c axis) to the tetramer AU will create a molecular octamer of TB-RBP discussed in the corresponding paper. The actual biological state of the molecule is still under question.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: translin
B: translin
C: translin
D: translin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7114
ポリマ－107,7114
非ポリマー00
水1,47782
1
A: translin
B: translin
C: translin
D: translin

A: translin
B: translin
C: translin
D: translin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,4218
ポリマ－215,4218
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)97.246, 135.457, 91.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The asymmetric unit contains four TB-RBP monomers, each interacting to form a tetramer. A second tetramer produced by two-fold rotation of the crystallographic c axis forms an octamer of TB-RBP in the crystal.

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要素

#1: タンパク質
translin / / TB-RBP


分子量: 26927.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pGEX-4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q62348
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Ammomium Sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
詳細: Pascal, J.M., (2001) Acta Cryst., D57, 1692.

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
シンクロトロンNSLS X12B20.9794
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2000年6月15日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.97941
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 34219 / Num. obs: 34219 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
Num. measured all: 193026 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 2.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
直接法モデル構築
CNS1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.65→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.29 1741 5% of data throughout refinement
Rwork0.247 --
all-35613 -
obs-34973 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6927 0 0 82 7009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.071
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.688
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.251
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0072
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.251
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.688

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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