+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dg7 | ||||||
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Title | Low resolution structure of Drosophila Translin | ||||||
Components | GM27569p | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / translin-like fold / ssDNA/RNA binding / reductive methylation / dimethylamino-borane / formaldehyde | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / behavioral response to starvation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / RNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / single-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / protein stabilization / protein homodimerization activity / RNA binding ...negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / behavioral response to starvation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / RNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / single-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / protein stabilization / protein homodimerization activity / RNA binding / membrane / identical protein binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.195 Å | ||||||
Authors | Kumar, V. / Gupta, G.D. | ||||||
Citation | Journal: FEBS Open Bio / Year: 2012 Title: Low-resolution structure of Drosophila translin Authors: Kumar, V. / Gupta, G.D. #1: Journal: Febs J. / Year: 2008 Title: Crystal structures of Drosophila mutant translin and characterization of translin variants reveal the structural plasticity of translin proteins. Authors: Gupta, G.D. / Makde, R.D. / Rao, B.J. / Kumar, V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dg7.cif.gz | 701.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dg7.ent.gz | 596.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dg7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/4dg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/4dg7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3axjS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 29229.221 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: Translin protein Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: CG11761, Dmel_CG11761, translin, trsn / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q7JVK6 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 20% PEG 4000, 100mM bicine (pH 8.5), 200mM sodium formate, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.95372 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 24, 2011 / Details: bent collimating mirror and toroid |
Radiation | Monochromator: Si(111) monochromator. / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95372 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4.195→95 Å / Num. all: 16534 / Num. obs: 16416 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 121.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 5.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3AXJ Resolution: 4.195→48.146 Å / SU ML: 1.37 / Cross valid method: thoughout / σ(F): 0 / Phase error: 35.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 126.406 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.195→48.146 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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