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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kcg | ||||||
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タイトル | NKG2D in complex with ULBP3 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / protein-protein complex / C-type lectin-like receptor / MHC class I-like molecule | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / natural killer cell lectin-like receptor binding / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / MHC class I protein binding / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway ...: / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / natural killer cell lectin-like receptor binding / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / MHC class I protein binding / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / regulation of immune response / T cell costimulation / nitric oxide biosynthetic process / viral process / DAP12 interactions / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of type II interferon production / DAP12 signaling / signaling receptor activity / carbohydrate binding / 獲得免疫系 / cellular response to lipopolysaccharide / 細胞分化 / defense response to Gram-positive bacterium / external side of plasma membrane / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular space / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Radaev, S. / Sun, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2001 タイトル: Conformational plasticity revealed by the cocrystal structure of NKG2D and its class I MHC-like ligand ULBP3. 著者: Radaev, S. / Rostro, B. / Brooks, A.G. / Colonna, M. / Sun, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kcg.cif.gz | 95.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kcg.ent.gz | 78.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kcg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/1kcg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/1kcg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14365.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26718 #2: タンパク質 | | 分子量: 21125.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BZM4 #3: 化合物 | ChemComp-GSH / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 8000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.9639, 0.9792, 0.9795 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月21日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.6→41 Å / Num. all: 16578 / Num. obs: 16578 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 95.6 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 41 Å / Num. obs: 26678 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.7 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Num. unique obs: 2683 / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→41 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→41 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 41 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.22 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.49 / Rfactor obs: 0.386 |