PDB-1kbb: Mechanistic Analyses of Catalysis in Human Pancreatic alpha-Amyla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kbb

タイトル

Mechanistic Analyses of Catalysis in Human Pancreatic alpha-Amylase: Detailed Kinetic and Structural Studies of Mutants of Three Conserved Carboxylic Acids

要素

ALPHA-AMYLASE, PANCREATIC

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Amylase (アミラーゼ) /

Glycosylation (グリコシル化) /

Mutagenesis /

Diabetes (糖尿病) / Glycosidase /

Carbohydrate metabolism (炭水化物代謝) /

Catalysis /

Pancreatic (膵臓) /

enzyme (酵素) /

Human (ヒト)

機能・相同性

機能・相同性情報

polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate /

alpha-amylase / carbohydrate catabolic process /

alpha-amylase activity /

chloride ion binding / carbohydrate metabolic process /

calcium ion binding /

extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Rydberg, E.H. / Li, C. / Maurus, R. / Overall, C.M. / Brayer, G.D. / Withers, S.G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Mechanistic analyses of catalysis in human pancreatic alpha-amylase: detailed kinetic and structural studies of mutants of three conserved carboxylic acids.
著者: Rydberg, E.H. / Li, C. / Maurus, R. / Overall, C.M. / Brayer, G.D. / Withers, S.G.

履歴

登録	2001年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kbb.cif.gz	108.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kbb.ent.gz	87.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kbb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/1kbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/1kbb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kbkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1b2y-d 2cpu-d 3ij7-d 1xd0-d 3ole-d 1ose-d 1u33-d 1kgu-d 1vah-d 1kbk-d 3dhp-d 1smd-d 1z32-d 1cpu-d 3bai-d 3bay-d 1pif-d 1kgw-d 3oli-d 1mfv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (11) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: ALPHA-AMYLASE, PANCREATIC

ヘテロ分子

55.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.92, 74.77, 136.94
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ALPHA-AMYLASE, PANCREATIC / / 1 / 4-ALPHA-D-GLUCAN GLUCANOHYDROLASE / PANCREATIC ALPHA-AMYLASE 分子量: 55873.270 Da / 分子数: 1 / 変異: E233A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P04746, alpha-amylase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.25 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

詳細: Brayer, G.D., (2000) Biochemistry, 39, 4778.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	60 %	MPD	1	reservoir
2	100 mM	cacodylate	1	reservoir
3	2 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月2日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→10 Å / Num. all: 43967 / Num. obs: 40335 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 3492 / % possible all: 80.9
反射	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 10 Å / 冗長度: 5.8 % / Num. measured all: 234194 / R_merge(I) obs*: 0.05

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	精密化
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数
R_free	0.1943	-
R_work	0.1721	-
all	-	43315
obs	-	40110

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3942	0	2	120	4064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.324

精密化

*PLUS

最低解像度: 10 Å / % reflection R_free: 10 % / R_factor obs: 0.161 / R_factor R_free: 0.196 / R_factor R_work: 0.161

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.308

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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