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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k9y | ||||||
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タイトル | The PAPase Hal2p complexed with magnesium ions and reaction products: AMP and inorganic phosphate | ||||||
要素 | Halotolerance protein HAL2耐塩性 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / NUCLEOTIDASE (ヌクレオチダーゼ) / SALT TOLERANCE (耐塩性) / INOSITOL (イノシトール) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3'(2'),5'-ビスリン酸ヌクレオチダーゼ / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase activity / hyperosmotic salinity response / sulfate assimilation / methionine biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Patel, S. / Albert, A. / Blundell, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Structural enzymology of Li(+)-sensitive/Mg(2+)-dependent phosphatases. 著者: Patel, S. / Martinez-Ripoll, M. / Blundell, T.L. / Albert, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k9y.cif.gz | 90.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k9y.ent.gz | 66.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k9y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/1k9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/1k9y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39199.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HAL2 / プラスミド: pRS-421-HAL2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): RS1051 参照: UniProt: P32179, 3'(2'),5'-ビスリン酸ヌクレオチダーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 241分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-AMP / | #5: 化合物 | ChemComp-BME / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.66 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30 % PEG5000 MME, 0.1 M sodium acetate, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 M MES (Crystals were soaked in mother liquor containing 1 M magnesium chloride for 1 hour), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 30 % PEG5000 MME, 0.1 M sodium acetate, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 M MES (Crystals were soaked in mother liquor containing 1 M magnesium chloride for 1 hour), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月8日 |
放射 | モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→67.42 Å / Num. all: 25897 / Num. obs: 25897 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / % possible all: 99.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QGX 解像度: 1.9→67.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.784 / SU ML: 0.142 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.369 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→67.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.151 / Rfactor Rfree: 0.205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.345 / Rfactor Rwork: 0.243 |