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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k4a | ||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF AGAA RNA TETRALOOP, NMR, 20 STRUCTURES | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA (リボ核酸) / Ribonucleic Acid (リボ核酸) / Tetraloop | 機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / distance geometry simulated annealing | データ登録者 | Wu, H. / Yang, P.K. / Butcher, S.E. / Kang, S. / Chanfreau, G. / Feigon, J. | 引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001 | タイトル: A novel family of RNA tetraloop structure forms the recognition site for Saccharomyces cerevisiae RNase III. 著者: Wu, H. / Yang, P.K. / Butcher, S.E. / Kang, S. / Chanfreau, G. / Feigon, J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k4a.cif.gz | 175 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k4a.ent.gz | 143.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k4a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/1k4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/1k4a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4509.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: An RNA Hairpin with AGAA Tetraloop, the primary recognition site for S. cerevisiae RNase III. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | ||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 326 restraints, 300 are NOE-derived distance restraints, 54 dihedral angle restraints. Additional 26 distance restraints from hydrogen bonds are used in the stem region. | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: this is the lowest energy structure | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |