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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jw5 | |||||||||
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タイトル | Structure of Maltose Bound to Open-form Maltodextrin-binding Protein in P1 Crystal | |||||||||
要素 | maltodextrin-binding protein | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / DNA damage response / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Duan, X. / Quiocho, F.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Structural evidence for a dominant role of nonpolar interactions in the binding of a transport/chemosensory receptor to its highly polar ligands. 著者: Duan, X. / Quiocho, F.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jw5.cif.gz | 90.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jw5.ent.gz | 66.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jw5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jw5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40753.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02928, UniProt: P0AEX9*PLUS |
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#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 20k, Mes, sodium azide, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 42499 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / % possible all: 87.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 89 % / Rmerge(I) obs: 0.042 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→50 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rfree: 0.25 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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