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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jw0 | ||||||
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タイトル | Structure of cephalosporin acylase in complex with glutarate | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / cephalosporin acylase / glutarate / GLUTARYLL-7-ACA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase / glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase activity / antibiotic biosynthetic process / ペリプラズム / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Brevundimonas diminuta (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: CHEM.BIOL. / 年: 2001 タイトル: Structure of cephalosporin acylase in complex with glutaryl-7-aminocephalosporanic acid and glutarate: insight into the basis of its substrate specificity 著者: Kim, Y. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jw0.cif.gz | 149.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jw0.ent.gz | 121.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jw0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jw0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | HETERODIMER OF ONE ALPHA CHAIN AND ONE BETA CHAIN |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17472.033 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 30-187 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) プラスミド: pET24d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L5D6 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 58686.363 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 199-718 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) プラスミド: pET24d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L5D6 |
#3: 化合物 | ChemComp-GUA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.79 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG8000, MgAcetate, SodiumCacodylate, DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 125 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.06296 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月24日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.06296 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 37019 / Num. obs: 36332 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.42 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 95 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 98.1 % / Num. measured all: 156206 / Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 3.5 % / Rfactor Rfree: 0.23 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.0055 |