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万見
- PDB-1jup: Crystal structure of the multidrug binding transcriptional repres... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jup
タイトルCrystal structure of the multidrug binding transcriptional repressor QacR bound to malachite green
要素HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL REGULATOR IN QACA 5'REGION
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / multidrug recognition / malachite green (マラカイトグリーン) / QacR / multidrug binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator QacR, C-terminal / QacR-like protein, C-terminal region / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. ...Transcription regulator QacR, C-terminal / QacR-like protein, C-terminal region / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
マラカイトグリーン / HTH-type transcriptional regulator QacR
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Miller, M.C. / Grkovic, S. / Brown, M.H. / Skurray, R.A. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Structural mechanisms of QacR induction and multidrug recognition.
著者: Schumacher, M.A. / Miller, M.C. / Grkovic, S. / Brown, M.H. / Skurray, R.A. / Brennan, R.G.
履歴
登録2001年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL REGULATOR IN QACA 5'REGION
D: HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL REGULATOR IN QACA 5'REGION
A: HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL REGULATOR IN QACA 5'REGION
E: HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL REGULATOR IN QACA 5'REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,37527
ポリマ－91,9324
非ポリマー2,44323
水1267
1
B: HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL REGULATOR IN QACA 5'REGION
A: HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL REGULATOR IN QACA 5'REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,25613
ポリマ－45,9662
非ポリマー1,29011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area18020 Å2
手法PISA
2
D: HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL REGULATOR IN QACA 5'REGION
E: HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL REGULATOR IN QACA 5'REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,11914
ポリマ－45,9662
非ポリマー1,15312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area17840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.200, 174.200, 96.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
詳細QacR is a dimer and there are two QacR dimers in the ASU one bound with the determined drug binding stoichiometry of one drug per dimer

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要素

#1: タンパク質
HYPOTHETICAL TRANSCRIPTIONAL REGULATOR IN QACA 5'REGION / QACR REPRESSOR / ORF 188


分子量: 22983.023 Da / 分子数: 4 / 変異: C72A, C141S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pSK5210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: P0A0N4
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MGR / MALACHITE GREEN / N,N-ジメチル-4-[α-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]ベンジリデン]-2,5-シクロヘキサジエニリデンイミニウム / マラカイトグリーン


分子量: 329.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N2 / コメント: 抗菌剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月23日 / 詳細: yale mirrors
放射モノクロメーター: monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→64.6 Å / Num. all: 26023 / Num. obs: 26023 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 47.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.95→3.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
bioteXデータ削減
bioteXデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JUS

1jus


解像度: 2.95→64.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1038053.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 2580 9.9 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.238 26023 81.9 %-
all-26023 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.9022 Å2 / ksol: 0.331763 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.21 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.79 Å0.83 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→64.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6188 0 135 7 6330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.642.5
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 221 9.4 %
Rwork0.374 2127 -
obs--45.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5MGR_PAR.TXTMGR_TOP.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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