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- PDB-1jo7: Solution Structure of Influenza A Virus Promoter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jo7
タイトルSolution Structure of Influenza A Virus Promoter
要素Influenza A virus promoter RNA
キーワードRNA (リボ核酸) / RNA panhandle / AAU AC mismatch / bending / internal loop / UUCG
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / Distance geometry, Simulated annealing + Susceptibility anisotropy
データ登録者Bae, S.-H. / Cheong, H.-K. / Lee, J.-H. / Cheong, C. / Kainosho, M. / Choi, B.-S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Structural features of an influenza virus promoter and their implications for viral RNA synthesis.
著者: Bae, S.H. / Cheong, H.K. / Lee, J.H. / Cheong, C. / Kainosho, M. / Choi, B.S.
履歴
登録2001年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Influenza A virus promoter RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9131
ポリマ－9,9131
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)32 / 200The submitted conformer models are the 32 structures with lowest energy and acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1major conformers(1-15)

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要素

#1: RNA鎖 Influenza A virus promoter RNA


分子量: 9912.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T7 in vitro transcription

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using standard 2D and 3D techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM unlabeled90%H2O/10%D2O or 99.996% D2O
20.4mM 13C/15N labeled90%H2O/10%D2O or 99.996% D2O
30.4mM 13C/15N labeled90%H2O/10%D2O + PM (purple membrane)
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110mM sodium phosphate 6.5 ambient 294 K
210mM sodium phosphate 6.5 ambient 277 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX4003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR98Bruker Inc.解析
Sparky3.95UCSFデータ解析
X-PLOR3.1Brunger et al.精密化
CNS1Brunger et al.精密化
精密化手法: Distance geometry, Simulated annealing + Susceptibility anisotropy
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are refined using residual dipolar coupling constraints
代表構造選択基準: major conformers(1-15)
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are the 32 structures with lowest energy and acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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