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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jk7 | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE TUMOR-PROMOTER OKADAIC ACID BOUND TO PROTEIN PHOSPHATASE-1 | |||||||||
要素 | SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNITSerine/threonine-specific protein kinase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE/TOXIN / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE-TOXIN COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 PTW/PP1 phosphatase complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / protein phosphatase 1 binding / lamin binding / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / 微小管形成中心 / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process ...PTW/PP1 phosphatase complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / protein phosphatase 1 binding / lamin binding / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / 微小管形成中心 / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / entrainment of circadian clock by photoperiod / Triglyceride catabolism / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / 分裂溝 / blastocyst development / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / positive regulation of glial cell proliferation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / RHO GTPases Activate Formins / RAF activation / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / neuron differentiation / 動原体 / Separation of Sister Chromatids / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / Circadian Clock / presynapse / midbody / 精子形成 / mitochondrial outer membrane / 樹状突起スパイン / nuclear speck / 細胞周期 / 細胞分裂 / protein domain specific binding / focal adhesion / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / 核小体 / protein kinase binding / protein-containing complex / ミトコンドリア / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Maynes, J.T. / Bateman, K.S. / Cherney, M.M. / Das, A.K. / James, M.N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of the tumor-promoter okadaic acid bound to protein phosphatase-1. 著者: Maynes, J.T. / Bateman, K.S. / Cherney, M.M. / Das, A.K. / Luu, H.A. / Holmes, C.F. / James, M.N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jk7.cif.gz | 82.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jk7.ent.gz | 59.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jk7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/1jk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/1jk7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1fjmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 37030.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36873, protein-serine/threonine phosphatase |
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-非ポリマー , 5種, 185分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-OKA / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | The Okadaic Acid was obtained from DINOFLAGEL |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: LITHIUM SULPHATE, PEG 400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 24439 / Num. obs: 24439 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.46 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 30 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.33 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / % possible all: 95.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 434544 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FJM 解像度: 1.9→29.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2611346.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.6197 Å2 / ksol: 0.384153 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.243 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor Rwork: 0.218 |