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- PDB-1jjk: Selenomethionine Substitution of Orotidine-5'-monophosphate Decar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jjk
タイトルSelenomethionine Substitution of Orotidine-5'-monophosphate Decarboxylase from E. coli Causes a Change in Crystal Contacts and Space Group
要素OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
キーワードLYASE (リアーゼ) / alpha-beta-barrel / protein-inhibitor complex / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleobase-containing small molecule interconversion / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / carboxy-lyase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...: / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Poulsen, J.-C.N. / Harris, P. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Selenomethionine substitution of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase causes a change in crystal contacts and space group.
著者: Poulsen, J.C. / Harris, P. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structural Basis for the Catalytic Mechanism of a Proficient Enzyme: Orotidine 5'-monophosphate Decarboxylase
著者: Harris, P. / Poulsen, J.-C.N. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
履歴
登録2001年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
B: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
C: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
D: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
E: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
F: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
G: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
H: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
I: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
J: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
K: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
L: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
M: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
N: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
O: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
P: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)434,24732
ポリマ－428,80416
非ポリマー5,44316
水0
1
A: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
B: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2814
ポリマ－53,6012
非ポリマー6802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16990 Å2
手法PISA
2
C: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
D: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2814
ポリマ－53,6012
非ポリマー6802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16980 Å2
手法PISA
3
E: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
F: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2814
ポリマ－53,6012
非ポリマー6802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17000 Å2
手法PISA
4
G: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
H: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2814
ポリマ－53,6012
非ポリマー6802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area16990 Å2
手法PISA
5
I: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
J: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2814
ポリマ－53,6012
非ポリマー6802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17000 Å2
手法PISA
6
K: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
L: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2814
ポリマ－53,6012
非ポリマー6802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
7
M: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
N: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2814
ポリマ－53,6012
非ポリマー6802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area16950 Å2
手法PISA
8
O: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
P: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2814
ポリマ－53,6012
非ポリマー6802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.5, 149.0, 115.6
Angle α, β, γ (deg.)90, 115.3, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer constructed like AB, CD, EF, GH, IJ, KL, MN or OP

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要素

#1: タンパク質
OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE / / OMP DECARBOXYLASE


分子量: 26800.279 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pLFF8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SO6735
参照: UniProt: P08244, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O10P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.32 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16.0 mg/mlprotein1drop
220 %PEG80001reservoir
30.2 M1reservoirMgCl2
40.1 MMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9787, 0.9789, 0.8856
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月9日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97871
20.97891
30.88561
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 64921 / Num. obs: 64921 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 9615 / % possible all: 93.7
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 333946

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
MAR345データ収集
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.344 3281 -random
Rwork0.3441 ---
all0.3435 64880 --
obs0.3435 64880 91.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27984 0 352 0 28336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
LS精密化 シェル解像度: 3→3.02 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.387 70
Rwork0.423 -
obs-1315
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.3
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Rfactor Rfree: 0.387 / Rfactor Rwork: 0.423

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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