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- PDB-1jfq: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF THE MURINE ANTI-PHENYLARSONATE ANTIBO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jfq
タイトルANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF THE MURINE ANTI-PHENYLARSONATE ANTIBODY 36-71, "FAB 36-71"
要素(ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF ANTI-PHENYLARSONATE ANTIBODY) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin production / positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / immunoglobulin complex / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell receptor signaling pathway ...immunoglobulin production / positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / immunoglobulin complex / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / 獲得免疫系 / defense response to bacterium / 免疫応答 / external side of plasma membrane / 自然免疫系 / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig kappa chain V-V region HP 91A3 / Ig heavy chain V region 36-65 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Parhami-Seren, B. / Viswanathan, M. / Strong, R.K. / Margolies, M.N.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2001
タイトル: Structural analysis of mutants of high-affinity and low-affinity p-azophenylarsonate-specific antibodies generated by alanine scanning of heavy chain complementarity-determining region 2.
著者: Parhami-Seren, B. / Viswanathan, M. / Strong, R.K. / Margolies, M.N.
履歴
登録2001年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE The sequence database reference for the molecules in the this entry is not available

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF ANTI-PHENYLARSONATE ANTIBODY
H: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF ANTI-PHENYLARSONATE ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5732
ポリマ－47,5732
非ポリマー00
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.130, 73.050, 46.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF ANTI-PHENYLARSONATE ANTIBODY


分子量: 23715.094 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA CELLS / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q91WF8, UniProt: P01648*PLUS
#2: 抗体 ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF ANTI-PHENYLARSONATE ANTIBODY


分子量: 23857.559 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01747
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Rose, D.R., (1990) Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 87, 338.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
114.9 %(w/w)PEG80001drop
24.0 mg/mlprotein1drop
350 mMphosphate1drop
40.5 %(w/w)1dropNaN3
58.5 %PEG80001reservoir
650 mMpotassium phosphate1reservoirpH7.5
70.5 %1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 28861

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解析

ソフトウェア
名称分類
UCSD-systemデータ収集
UCSD-systemデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
UCSD-systemデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 6FAB

6fab


解像度: 1.9→6 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: not applied / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
Rfactor反射数
Rwork0.196 -
obs0.196 28861
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3335 0 0 112 3447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.911
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.887
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.674
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.276 -
Rfree-0
obs-2518
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 6 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.276 / Rfactor obs: 0.276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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