+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jdx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN L-ARGININE:GLYCINE AMIDINOTRANSFERASE IN COMPLEX WITH L-NORVALINE | ||||||
要素 | PROTEIN (L-ARGININE:GLYCINE AMIDINOTRANSFERASE) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / CREATINE BIOSYNTHESIS / CATALYTIC TRIAD (触媒三残基) / REACTION MECHANISM (反応機構) / NOVEL FOLD / FIVEFOLD PSEUDOSYMMETRY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycine amidinotransferase / glycine amidinotransferase activity / amidinotransferase activity / creatine metabolic process / Creatine metabolism / creatine biosynthetic process / 筋萎縮 / ミトコンドリア / positive regulation of cold-induced thermogenesis / ミトコンドリア内膜 ...glycine amidinotransferase / glycine amidinotransferase activity / amidinotransferase activity / creatine metabolic process / Creatine metabolism / creatine biosynthetic process / 筋萎縮 / ミトコンドリア / positive regulation of cold-induced thermogenesis / ミトコンドリア内膜 / learning or memory / ミトコンドリア / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Fritsche, E. / Humm, A. / Huber, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: The ligand-induced structural changes of human L-Arginine:Glycine amidinotransferase. A mutational and crystallographic study. 著者: Fritsche, E. / Humm, A. / Huber, R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jdx.cif.gz | 106.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1jdx.ent.gz | 82.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jdx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/1jdx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/1jdx | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44341.488 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 38 - 423 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: BL(21)DE3PLYSS / 細胞内の位置: CYTOSOLIC細胞質基質 / 遺伝子: AT38H / 器官: KIDNEY腎臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / プラスミド: PRSETAT38H / 遺伝子 (発現宿主): AT38H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P50440, glycine amidinotransferase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NVA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop was made of a 7 micro litter protein solution and 14 micro litter of a reservoir solution | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 20930 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.115 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 27837 / Num. measured all: 108578 / Rmerge(I) obs: 98.6 / Rmerge F obs: 0.095 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.353 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 0 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |