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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jby | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A DUAL-WAVELENGTH EMISSION GREEN FLUORESCENT PROTEIN VARIANT AT LOW PH | ||||||
要素 | GREEN FLUORESCENT PROTEIN緑色蛍光タンパク質 | ||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN (生物発光) / Beta Barrel (Βバレル) / Chromophore (発色団) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Hanson, G.T. / McAnaney, T.B. / Park, E.S. / Rendell, M.E.P. / Yarbrough, D.K. / Chu, S. / Xi, L. / Boxer, S.G. / Montrose, M.H. / Remington, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Green Fluorescent Protein Variants as Ratiometric Dual Emission pH Sensors. 1. Structural Characterization and Preliminary Application. 著者: Hanson, G.T. / McAnaney, T.B. / Park, E.S. / Rendell, M.E.P. / Yarbrough, D.K. / Chu, S. / Xi, L. / Boxer, S.G. / Montrose, M.H. / Remington, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jby.cif.gz | 60.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jby.ent.gz | 42.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jby.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/1jby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/1jby | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26866.326 Da / 分子数: 1 / 変異: S65T,Q80R,H148G,T203C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) プラスミド: pRSETb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P42212 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | RESIDUES 65, 66, AND 67 ARE NOT PRESENT IN THE ENTRY AND ARE INSTEAD REPLACED WITH CRO 66 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 1550, citrate, ammonium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月19日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→19.5 Å / Num. all: 18903 / Num. obs: 18903 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.89 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2522 / % possible all: 87.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 83420 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EMA 解像度: 1.8→19.5 Å / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.89 Å /
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精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.194 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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